待到清帝退位一事尘埃落定后，袁世凯在心满意足之余，便令人给南方革命党发去一电，声称共和政体乃最良政体，来之不易，今后共和建设还需诸君努力云云。孙中山在接到电文后，自然明白袁世凯话里的含义，次日便向临时参议院提出辞呈，并举荐袁世凯为临时大总统，以兑现之前的承诺。
不过，孙中山在提出辞职的同时，也提出了三个先决条件，那就是：一、临时政府必须设在南京；二、新任临时大总统必须到南京就职；三、新任临时大总统必须遵守临时参议院制定颁布的一切法律章程。
孙中山之所以坚持定都南京并要求袁世凯到南京就职不可，目的就是要以此来限制袁世凯，因为袁世凯的势力主要在北方。但是，袁世凯是何等人物，他沉浮宦海三十余年，什么大风大浪没见过，岂有看不出孙中山的用意？再者，北方是袁世凯的老巢，他岂有孤身南下、成为南方革命党的傀儡之理？南京定都之提议，其结果非待智者而知之。
果不其然，袁世凯的电报一公布，各方舆论纷纷对定都南京一事表示反对，譬如民社、民立报、国民协会等八个社团便发表联合声明，声称“定都北京乃民国内政外交之关键，倘若舍北取南，帝党势必会死灰复燃，而强敌也有乘机侵略之虞”；而革命元老章太炎更是跳出来大唱反调，他宣称南京地处偏倚，备有“五害”（从历史上看，南京的确是不祥之都），并公开指责孙中山是在故意挑起事端。
在舆论的煽动下，各省都督、绅商代表也纷纷致电南京临时政府，对定都南京表示异议。就连一贯主张建都武昌的黎元洪，这时也改口支持北京定都，“以免酿成大患”。而南方革命军中的许多将领如浙军司令朱瑞、粤军司令姚雨平、第一军团长柏文蔚等也纷纷发表通电，主张临时政府建在北京为妥。
令孙中山没有想到的是，临时参议院的议员们对定都南京一事也无甚决心，或许是他们认为孙中山的想法太天真，或者急于维系来之不易的和平，结果对于定都一事群起争吵起来，最后只好用投票的方式来决定。投票的结果却出人意料，支持定都北京的二十票，而支持定都南京的只有五票，另外还有两票支持武昌，一票支持天津。孙中山得知这个结果后，当晚便召集同盟会的议员开会，要求他们统一立场，结果临时参议院在次日再次开会讨论定都问题。
为了保证复议翻案，黄兴于次日亲临现场，并声称要是不定都南京的话，他将率宪兵队进参议院把所有同盟会籍的议员们绑缚起来。经过同盟会员吴玉章等人的紧张疏通，临时参议院再次投票，最终以十九票对十七票的结果决议定都南京。
为促使袁世凯尽快到南京就职，孙中山决定派出专使团前往北京，迎接袁世凯南下。专使团以临时政府教育总长蔡元培为团长，外交次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、参谋次长钮永建、法制局长宋教仁、湖北外交司长王正廷、前议和参赞汪精卫等为欢迎员，阵容不可谓不强大，仪式不可谓不隆重。在袁世凯的议和代表唐绍仪的陪同下，迎袁专使团于2月21日从上海启程，赶赴北京迎接大总统。
袁世凯听说南方专使团已经出发，却也不慌张，只是关照沿途要好生招待，不得怠慢南方客人。等专使团快到天津的时候，袁世凯又派出他的长子袁克定亲自前往天津迎接，以示重视。到北京后，专使团被安排到一个特意准备好的馆舍休息。第二天，蔡元培、宋教仁、汪精卫等人便前往袁府商议南下一事，袁世凯倒也不曾怠慢，亲自出门相迎。待到双方行过礼，蔡元培便将参议院投票决定袁世凯任临时大总统的决议公文和孙中山的书函一并交给袁世凯，并说明来意。
袁世凯将公文书函略看了看，故意皱眉叹道：“想我四年前便已退隐山林，不料去岁国事巨变，无奈之下方才重出江湖，以解黎民之困。如今共和已定，我只想做一太平百姓，为何南方诸君非得选中老朽，催促南下？难道这泱泱中华，竟没有比老朽更适合的人才吗？”
专使团负责人蔡元培听后道：“袁总统何必自谦，如今清帝已经退位，共和国一扫数千年之专制制度，袁总统功莫大焉。南京临时参议院选举老先生为临时大总统，实乃众望所归，还望袁总统以大局为重，早日赴南京就职，以慰各方人士之愿，则共和事业幸甚！”
袁世凯故作为难，道：“南方人士希望我早日南下，北方人等又苦苦挽留我在北京，可我又没有个分身术，如何使得？我倒是想去南京就职，但如今北方局势不稳，恐怕形势不允许啊！”
年轻气盛的宋教仁听后反驳道：“袁总统此言差矣！此次推翻帝制，乃武昌起事，南京告成，何况南京已设临时参议院及临时政府，如今孙总统业已辞职，即当以民意为重，为何迟迟不肯南下就职，有碍共和大业呢？”
袁世凯正想驳斥，昨日一同从南京回来的议和代表唐绍仪走进来帮他解了围：“宋兄！你又在这里大发高论了！如今各位来此，不过请袁公南下一就，何必多费唇舌？至于袁公之虑，也并非没有道理，只待北方局势稍微平静，即当拨冗启程，不负南方之盛意。”袁世凯听后微微一笑，便起身道：“各位所言极是，既然南方诸君盛情相邀，我亦当竭诚尽力，早日南行便是。”
袁世凯充满诚意的一席话，说得专使团的各位心里颇为舒畅，紧张的气氛瞬时为之一变。袁世凯倒也善于把握机会，随后便下令设宴款待远道而来的南方贵客，推蔡元培坐了首座，袁世凯自坐首席，唐绍仪也一起陪同。只见杯觥交错间，宾主相谈甚欢，却已不再论及国事。
待到散席回馆，专使团的成员都有三分醉意，却还剩下七分清醒。说句实话，他们对交涉的结果虽然还算满意，但对袁世凯是否真的南下就职，却也说不上有十分的把握。当晚，专使团的成员正在商议对策时，突然城北传来数声炮响，随即便是人喊马嘶，仿佛有事变发生。蔡元培等人极为困惑，他们走到窗前推开窗户，却见不远处已是大火一片，数处房屋正在烈焰中熊熊燃烧。
借着大火的余光，专使团的成员发现不远的街道上突然冒出成群的大兵，这些持枪的丘八老爷不停的朝着天空中开火，只见子弹带着长长的亮光，不断撕扯着本是安静祥和的夜空。清脆的枪声听起来不是那么的友善，更糟糕的是，这群乱兵一路上呼呼喝喝，沿途纵火抢劫，方向却似乎正朝着馆舍而来。
专使团等人大为惊恐，正待商议如何是好时，一颗流弹突然划破窗户飞了进来，将室内墙壁砸出一个洞又折射了出去。汪精卫大叫道：“不得了！幸好这个子弹没有击中人，不然还不被它取了性命！”蔡元培说：“不好，恐怕这是兵变了！”宋教仁却还算冷静，当即一语中的：“这定是袁世凯的手段！”
宋教仁的话音未落，一群乱兵便已举着火把，“嘭嘭嘭”的猛砸馆舍大门，馆舍里管事的人前去招呼说：“这是南方专使团的所在，还望弟兄们不要惊扰！”
兵士们听后，大声嚷嚷道：“什么专使不专使！越是专使，我们越要打他！”随后，乱兵们又是十几声乱枪，子弹“嗖嗖”的从专使团成员所住房间的窗户前呼啸而过，将蔡元培等人惊出一身的冷汗。
危急形势下，蔡元培对专使团的其他成员道：“情况不妙，看来这些乱兵似乎是冲着咱们而来，不想我们使命尚未完成，却将性命白白送在这里！”汪精卫说：“多说无益，我们不能在此束手待毙，不如从后院觅条出路逃生罢！”众人听后点头称是，当时也来不及收拾什么文件衣物，便一起下楼朝后院奔去。
还没等到后院，前面乱兵们已经将大门砸出几个大窟窿，嚷嚷着要冲进来，蔡元培等人听到后，一个个急得像是热锅上的蚂蚁，恨不能长出翅膀飞过墙外。要说馆舍的后院并不算高，但由于黑灯瞎火的，专使团的成员们又都是些谦谦君子，一时间竟然翻不过去。所幸后来有人从房内摸了一条板凳，专使团的成员们这才借以过墙逃生。
出了馆舍后，专使团见街上已经是兵荒马乱，决定分开行事，一部分人避入附近的一家教堂，蔡元培与宋教仁、汪精卫两人本想去袁世凯府上质问，但当夜的局势实在混乱，未能如愿。所幸蔡元培及汪精卫对北京还算熟悉，总算有惊无险的逃进了东交民巷的六国饭店。
待到次日凌晨，专使团的其他成员如魏宸组、王正廷等人也陆续赶到六国饭店，众人彼此对视，不免哈哈大笑：只见各人有未穿外衣的，有穿鞋而无袜的，也有穿袜而无鞋的，情形极为狼狈，所幸无人受伤。
袁世凯在得知蔡元培等人已经逃到六国饭店避难后，随后便派人前来慰问，并将他们接到府上压惊。等蔡元培等人再到袁府的时候，袁世凯却也是一夜无眠，而且已经换上马裤、马靴，一身戎装打扮。对于昨夜之事，袁世凯似乎也是一头雾水，正急急忙忙的命人四处打探，查明究竟是何人带头闹事，又闹成何等情形。
不久，各路探子回报，发生兵变的是曹锟统制的北洋第三镇，他们原本驻扎在北京城外，不知何故突然冲进城内，跑到东城和前门一带大肆哄抢，一路焚烧，还跑到专使团所住的煤渣胡同胡闹。到下半夜，兵变继续扩大，西城、北城也发生骚乱，当地的土匪闻风而动，趁火打劫，而部分巡警也加入了抢劫的行列。等到清晨，被砸被抢的店铺、钱庄、民居已经有数千家，还有几百间房屋被焚烧，似乎是为了掩盖抢劫的痕迹。
这次兵变，是不是袁世凯一手导演，目前还没有确凿证据。不过，坊间倒有个传闻，说是袁世凯的长子袁克定曾找几个北洋军的将领商议，说如果家父南下就职的话，到时直隶都督就要由别人接手，届时北洋军恐怕要被裁撤一部分，对大家很是不利；要想不让家父南下，首先是要把南方专使团给赶跑。
曹锟等人听后，大为恼火，便说：“这事也不难办，只有我们让弟兄们趁夜把专使团的住处围一围，放两枪，把他们吓跑就是。”袁克定听后大为满意，说：“只要你们一闹就好办，到时就算专使团不跑，东交民巷的外交团也会出来抗议，当时家父就走不成了。”
还有人说，在兵变的第二天早上，正当唐绍仪向袁世凯汇报情况的时候，曹锟突然推门而入，向袁世凯报告说：“昨奉大总统密令，兵变之事已经办妥！”袁世凯见曹锟说漏了嘴，起身大骂道：“胡说八道，滚出去！”
令人奇怪的是，在当晚的兵变中，袁世凯那些主管北京治安的亲信们毫无动作，譬如陆建章的执法处并没有对兵变进行干预，而掌管警政的赵秉钧在当晚传令全城巡警一律撤岗，不得干涉，以至于不少巡警自己都参与了抢劫活动。不过，蹊跷的是，这次兵变虽说抢劫的规模很大，却基本不杀人伤人，似乎是专门冲着有钱的地方而去，特别是城中的银号，更是一网打尽，遭灾最重，就连官府的存银处也遭到抢劫。据后来的统计，在当晚的骚乱中，乱兵们至少抢走300万以上的银两。
对于当晚的兵变，袁世凯倒不甚惊慌，他指示在京的几个将领如姜桂题等，切不可擅自去打那些乱兵，以免事情越闹越大。事实上，袁世凯得知乱兵们在抢劫银号时，心中不免还有些宽慰，因为他当时手头也没钱发军饷，既然手下的兵士们“自力更生”，那也就由他去吧！
等到了上午，兵变基本平息，乱兵们拿着当晚抢到的“战利品”，陆陆续续退到了城外，正当袁世凯和专使团稍稍安下心来的时候，天津和保定也发来电报，称当晚也发生兵变，商民被抢劫无数，情形竟然和北京完全类似。如此看来，要说这几处兵变与袁世凯毫无关系，这也有点说不过去。
北京兵变后，东交民巷的外国公使团果然迅速作出反应，他们以外国人也遭到抢劫为理由，在向袁世凯提出了强烈抗议的同时，还从天津等地调集卫队入京，以加强使馆区的巡逻警戒。不仅如此，公使团还威胁说，如果中国不马上组建共和政府，恢复良好秩序的话，他们将调集更多的兵力进入北京，大有重演当年“八国联军”侵华的架势。
在简单告知了兵变的情况后，南方专使团便被袁世凯请回了六国饭店。在随后的两天里，袁世凯也不再同他们会面，却不时的派人将各地变乱的电报送给蔡元培等人阅看，其用意不说自明。专使团看到各地电报报来的尽是些坏消息，而北京当地的报纸舆论都纷纷要求袁世凯留在北京以安定民心，免得局势进一步恶化而导致外国势力进行干涉；有的报纸甚至干脆指责是专使团的到来使得人心不稳，导致了兵变的发生云云。
在强大的舆论压力下，蔡元培等人也觉得局势悲观，他们向南京发去一电，称：“北京及天津等地兵变后，无政府状态为害甚大，外人也似有干涉之象，经过专使团成员几次会议讨论，全体成员一致认为，不能不牺牲我等此次来京之目的，以保全垂危之大局。”
南京方面虽然同意袁世凯在北京就职，但随后又要求袁世凯派出代表向临时参议院做个说明。目的既已达到，袁世凯当然乐得大方，在接到电报的第二天便派出唐在礼和范源濂两位专使前往南京说明情况。
事实上，袁世凯已经在暗地里将临时参议院的议员们大半搞定，所以唐在礼在会议厅刚刚将情况说明的稿子念了个开头，下面已经是掌声雷动，表示予以理解，袁世凯不必到南京就职。随后，南京临时参议院便决议允许袁世凯在北京就职，只需将宣誓词电告临时参议院并向全国通告即可。
3月10日，袁世凯身穿大礼服，在北京外交大楼中（即前清外务部公署）宣誓就任中华民国临时大总统。是日，前清的旧官僚们也都按前朝惯例，向新总统排班谒贺，就连蔡元培等人也不得不杂列其中，鞠躬相庆。至此，定都之争、就职风波也就彻底落下帷幕，袁世凯大获全胜。如此结局，倒像当时流传的一首民谣说的：“横商量，竖商量，摘下果子别人尝；今也让，明也让，吃人的老猿称霸王！”
袁世凯当上总统后，一些革命党人如刘揆一转而投靠蜕变了，少数人则悲观失望甚至绝望如邹永成，其在写了一首绝命诗后投黄浦江自尽，诗云：“不谅猿猴筋斗出，共和成梦我归天……”