“只有你才能打倒那个家伙。”
英灵士郎将击败吉尔伽美什的任务交给了人类士郎，这是他无法回避的责任。只要他依然认可自己正义伙伴的身份，那么打倒代表邪恶的吉尔伽美什，就是他必须完成的使命。
只可惜，仅凭自身的力量，士郎根本无法在吉尔伽美什的手底下支撑几招。这时，失去了从者的凛为了帮助爱人，将自身的魔术回路赋予士郎。士郎拥有的技艺不足以打败使用了五成实力的英雄王，身体虽然没受伤，但是在内心中却被吉尔伽美什讽刺的话语刺伤，他在理想与自我之间徘徊。绝望中想起了与未来自我的对决，“不是早就决定的事吗，怎么才过一就忘记了。”
士郎使用了他唯一被允许使用的魔术，固有结界。那是刀与剑的坟墓，埋葬着世间所有赝品之剑的墓地。这段咒语是王明在配音过程中念的上百遍，却一直达不到满意效果的咒语，最后在月倩音的帮助和启发下，终于录出令人满意的效果。在一段经费燃烧之战后，卫宫士郎利用对方轻敌的心理，斩断了吉尔伽美什的右手，并对吉尔伽美什造成了几乎一分为二的巨大伤势，吉尔伽美什败了。
另一边，赶到后山水池旁的saber终于见到了圣杯的真面目，那根本不是她追求的万能许愿器，比较而言反倒不如地狱中挣扎嚎叫的恶鬼来的好看，原来十年前那个男人看到的是这些，这才是那个男人强行催动令咒也要破坏的圣杯。saber现在的想法是：如果真的向这种圣杯许愿，愿望不仅不会成功，反而会将世界推向毁灭吧。
就在凛利用第二枚令咒强行命令saber破坏圣杯准备启动第三枚圣杯时，观众认为已经死去红A的声音突然出现，利用从头至尾只出现了一次的弓箭为凛开辟了一条安全道路。
获得了凛最后魔力的saber终于坚定的举起圣剑，金黄色的光芒照亮了黑夜，黑泥带来的恐怖也在光辉中隐没。看着这道光辉，观众不禁想起《Fae zer》当中，破开大海魔身体的的巨型光柱。悲壮的圣歌在怒吼声中响起，特效燃烧的经费在这一刻急剧上升，巨大的能量在如同绳索般魔术回路传导中破坏了圣杯本体，巨型十字光柱在空绽放出通彻地的光芒。圣杯被破坏了，saber也耗尽了力量化为光尘，缓缓消散在地间。
“没想到再次品尝到失败滋味的本王，将要面对的竟然是个魔力耗尽的赝品。”
这一次又是红A救场，一击将士郎从毁灭的边缘拉了出来。吉尔伽美什被圣杯吞噬，漫长的黑夜终于走到尽头，但还有场从者与御主间的大戏将要开场。色方明，光之粒子逐渐化为粉尘消散在地间，松开发箍，第一次露出灿烂笑容的红A是那么的帅气，甚至比帅醒歌中的模样还帅。温柔的笑声中，红A将另一个自己托付给凛。
从险死还生的战场归来，凛在圣杯战争中出色的表现传入时钟塔，老顽固们卖宝石翁一个面子，邀请她来时钟塔进修，原以为会独自一人留在冬木市的士郎接到了凛的“征召令”以侍从身份加入时钟塔进修基础学科。
在路上，士郎遇到了露维亚。
露维亚经常和凛作对，一开始看着两人亲密的模样就想将他抢过来，但最后却沦陷在他的温柔中，对他产生了好感，这也成为她和凛之间又一不可调和的矛盾。
受不了露维亚一见到士郎就围着他转的模样，吃醋的凛将一的课全部改为防身术，并向艾德菲尔特家的千金，露维亚瑟琳塔发出挑战。一场激烈的战斗，最终以两败俱伤告终。露维亚在不计量宝石魔术治愈下优雅的离开战斗厅，反观凛却只能带着浑身的伤口和士郎在休息室内休息。凛躺在士郎腿上，士郎用怜爱的眼睛，温柔的双手抚慰着凛的伤痛，并在凛的追问中，回答了自己与露维亚相识的经过。
第二，凛带着士郎来到了亚瑟王的坟墓前，那里只有一个孤零零的衣冠冢，但来了这里，士郎终于有机会出内心中没能出的话。经历了一疲劳，两人相互依靠着返回时钟塔。
从saber坟前回来的第二，士郎在时钟塔走廊遇到韦伯，他已成为时钟塔最年轻的讲师，两人彼此叙了走到今这一步的原因。韦伯是为了证明自己，士郎是为了做证明自己所选择的道路，他们各有各的理由，同时印证着彼此的过去。
回到住处，士郎见到了等待着答案的凛，在夏阳下的阁楼里，两人以戏剧的方式私定终身，最后紧握的双手代表了两人不变的初衷，也象征着两人不变的情感。爱不一定要出口，陪伴便是最好的告白，每当醒来的时候，睁开眼睛第一个看到的是自己最想看到的人，难道不是种幸运吗？拥有了这种幸运，即便是未来要走上错误的道路，名为卫宫士郎的家伙，也一定可以坚持到最后，一直，一直坚持到找到正确道路的那一刻。
UB篇有两大结局。一条是凛运用自己和士郎身体内残留的魔力，让saber成为自然的使魔留在现代。而saber在经历士郎和未来士郎之间理念的斗争后，对于士郎的未来到底会前往何方感到好奇，所以她自愿留在士郎和凛身边，想要见证士郎的成长，并陪伴两人走完一生。
这也是个美好结局，但对于完美党而言，其实是最差的结局。凛线竟然将saber的好感度刷到这么高，简直就是人渣，所以王明选择了第二个结局。
其实对王明来，结局是哪个并不重要，但为了四条命运线路完美，只能牺牲棉被王一途，况且只有这个结局，士郎的行为才更令人深思。
在saber线中，士郎属于世界的正义使者，他和切嗣一样，是人类的反英雄，总是在牺牲少数人成全多数人的无尽轮回中抉择，直至疯狂。
而凛线不一样。
士郎心中虽然依旧无私，但和正义使者这个目标相比，有一个女孩子入侵了他的心脏、身体和灵魂，她叫远坂凛，是为他带来希望和光芒的人，她有着和理想相同的地位，是士郎这一生绝对不会放弃的珍宝。
UB在两个背影交驳拼接中，走完了全程。