高氵朝阶段，悲剧成了动画主旋律。
樱的身边有了真正的亲人凛，有了爱自己胜过万千的士郎，她完全融入了卫宫宅的生活，成了这个家庭的一部分。
然而幸福和美满只是短暂的。
樱的身体被改造成了圣杯容器，她的身体也会出现曾在爱丽丝菲尔身上出现的状况，浑身无力、人类机能退化，到后来甚至连动一步都难。即便如此，她依旧每露出开心的笑容。对她而言，现在所拥有的一切，都是只有做梦的时候才敢想的事，亲身体验之后，是那么的温暖，那么的幸福，那么的不舍……
可看着樱的身体一比一差，士郎和凛却感受到了止不住的悲哀。樱身上发生的是无可逆转的情况，随着圣杯战争进行，她的身体会越来越差，直到失却人形，成为圣杯。但两人心有灵犀的什么也没，只是每都陪在樱的身边，给她期望的幸福和快乐。
樱睡下之后，士郎和凛夜里出外巡逻，却发现整条街的人都被不知名的黑影吞噬。接着黑影遇到了吉尔伽美什，黑影被打成重伤，吉尔伽美什也因一时不察，被黑影吞噬。在其他线路中作为bss登场的吉尔伽美什，在HF线高氵朝初起阶段领到了导演发来的带鸡腿的便当。而这次重伤，让樱认清了一件事，原来自己就是那黑影，梦中的事情都是自己做的。
樱没想到的是，自己现在经历的，所想的，一切都在老虫子的监控下。
老虫子多次安排樱偷听到姐姐凛和士郎间的谈话，刺激她内心深埋的不安和自卑，同时也刺激着埋在那灿烂笑容下的阴影——妒忌。
圣杯战争接近尾声，樱愈发控制不了自己，原本她希望由自己心爱的人赐予死亡，内心藏着希望他永远记住自己的心思，只是士郎根本下不了手。
感觉自己的生命走到尽头的樱，决定和老虫子做个了断。所以她动用了最后一枚令咒，要求rider不管将来发生什么，面对何人，都要站在士郎身边，代替自己守护他，直到生命最后一刻。
令rider变成自己模样留在卫宫宅，孤身一人回到间桐宅质问老虫子。对樱一举一动了若指掌的老虫子，安排了慎二守大门。
被嫉妒和欲望烧毁了理智的慎二企图强暴樱，一边撕扯一边从言语上侮辱樱，于此同时，老虫子控制刻印虫折磨樱的肉体和精神，难以为继的樱在老虫子的诱导下，彻底黑化，撕裂了一直侮辱自己的慎二。
之后，为了得到圣杯，亲自来到卫宫宅抢夺伊莉雅。
凛不敌黑化樱，在凛即将被杀死时，士郎赶到，他站在凛面前，准备用自己的身体劝樱回头，然而黑化樱却完全不顾面前男人曾是自己心中唯一的光明，竟要对士郎动手。好在之前对rider的命令救了士郎一命。
士郎是黑化樱唯一的缺陷，只要士郎死掉，樱的内心就会永坠黑暗，彻底沉沦。然而这一枚令咒，终于保住了她最后一丝人性，她面对士郎时，依然会有动摇。
Rider无法对樱出手，只要黑化樱不伤害士郎，众人面对她只能予取予求。于是，伊莉雅站了出来，自愿跟她走。
结局的主旋律是悲壮，次旋律是救赎。
绮礼的萝莉控之魂觉醒，亲自找来和士郎联手，趁着黑化樱处于被侵蚀的痛苦之际，两人救出了伊莉雅。
老虫子带着咒腕哈桑追来，绮礼要求断后。他展示了非人般的实力，跟咒腕哈桑和老虫子两人对阵还不落下风，甚至利用被黑泥改造过的异常体质，诱骗咒腕哈桑显露漏洞，引诱他使用宝具——妄想心音，然后趁机杀死了老虫子的肉体。
将伊莉雅带回卫宫宅后，她为众人讲述了黑圣杯的始末。这时，黑化樱将残留的部分人性挤进曾经的黑影中，而这黑影来到卫宫宅，通知三人赶快逃跑，因为她不知道什么时候本体会迷失本性。士郎坚定的表示自己一定会救你；凛表示为了远坂家的荣耀，一定会得到圣杯，并杀掉你。
决战前，士郎、伊莉雅和凛三人找到了宝石剑的设计图，并制作出这件传奇礼装，三人约定由凛和黑化樱做最后的了结。
另一边，老虫子的肉体被毁，他准备夺取准备了十年的樱的肉体，却没想到此时的樱早已脱离了他的控制。而蠢蠢欲动的老虫子本体也被樱感受到，她从自己的心脏上揪出一只恶心肥胖又丑陋的虫子，那就是老虫子寄生的本体，它被扔在地上，像常人抬脚踩死蟑螂一样被黑化樱碾死了。
最后一集大决战。士郎带着rider和凛来到柳洞寺，三人面对的是魔力无限的黑saber。
黑saber按照约定，放凛过去，并挡住了rider和士郎。
曾被saber当做绝招使用的咖喱棒，在黑无毛的手上成了读条长无D不耗蓝的技能，黑色的暗之洪流在空气中咆哮奔腾，仿若灭世之光的黑色不祥从剑尖中不尽的倾泻，仿佛持剑的人是无敌暗之女战神。
这时，rider终于用出全力。她摘下眼罩，露出石化魔眼。这魔眼可以压制对魔力等级为A的黑无毛一级属性，rider和黑saber斗了个平分秋色。在两人准备对轰大招时，士郎投影了炽覆七重圆环，替rider挡掉了这记咖喱棒，黑无毛却被rider的骑英之缰绳狠狠打中。
士郎回忆起自己和saber发生过的事，趁着黑无毛脱力时，流着泪将投映出的干将刺进她的胸膛，剑尖直透心脏。
另一边，Fae世界最强礼装，第二法的复制品宝石剑拥有者凛和被圣杯赋予半成品第三法的樱开始战斗。
两人在后山水池旁打的难解难分，然而樱总是召唤出黑色魔物骚扰凛，使平分秋色的凛渐渐落入下风。
凛扔出宝石剑发动自爆，为她接近黑樱创造了一个绝妙的机会，然而她在靠近黑樱身边，却根本无法下手，那是她的妹妹，为了她可以将父亲留下来的珍贵宝石给一个“陌生人”使用的妹妹，是她最喜欢，希望能获得幸福的妹妹，期盼可以笑对生活的妹妹。
“我送你的缎带，你一直戴着，我很高兴。”
凛暂时退场了。
被凛拉回光明的樱开始抗拒黑影的控制，甚至想要自杀。赶到的士郎告诉樱，凛她没有死。之后先是投映了万戒必破之符破除了樱与圣杯间的联系，之后用身体内仅存的魔力，以人类的身躯，抗拒着英灵肉体带来的强烈反噬，投映咖喱棒，破坏了圣杯。
这一击，包含了士郎的生命力和意志力，这股意志，甚至让他至死都站在樱的面前，替她遮风挡雨。
凛带着樱回家，而从噩梦中醒来的樱以为自己记忆中的一切都是噩梦，只要再一次睁开眼睛，学长就会出现在面前，笑着叫自己起床吃早饭，然而找遍了所有可能的地方，都没能找到他。
心中清楚这噩梦是真的，但她的脸上却挂着笑容。笑着拒绝了姐姐住在一起的决定，笑着搬进了曾经有他存在的房子，笑着种下花草，笑着面对每一个鲜花盛开的春，笑着：“如果你还不回来，我就要成为老太婆了……”
然而日复一日，年复一年，那座大宅子里，依然只有那个光彩依旧的女人，她正笑着面对下一个春的到来。