1989年春夏之际，中国发生了一场大动荡。在1989年6月24日结束的中共十三届四中全会上，62岁的江泽民从上海市委书记的岗位上被选拔出来，当选为新的总书记。
在1989年整个年度里，经济发展的速度降到了1978年以来的最低点，银根紧缩，消费降温，工厂开工不足，企业大面积倒闭，失业人员增加，资金流通不畅，呈现一派萧条气象。
经济局势的动荡，使意识形态的争论变得非常敏感，一些人士担心私营企业的膨胀发展最终将造成社会主义中国的“变色”，那些针对改革政策的质疑从四面八方射来。《人民日报》记者马立诚和凌志军在《交锋》一书中记录说，“那些密集的连珠炮似的批评文章满天飞。这是‘文化大革命’结束之后十分罕见的现象。”
就是在这样的大环境中，几年前已经尘埃落定的“商品经济”与“计划经济”之争再次被摆上台面。
舟至中流，突遇漩涡，去从徘徊，凶险无穷。
在这场充满了火药味、决定中国经济方向的大论战中，性情温和的吴敬琏扮演了一个孤胆战士的角色。
从一开始，吴敬琏就使自己成为一个招致攻击的“靶子”，他不但捍卫“商品经济”，甚至还进而提出，应该使用“市场经济”这个新名词。
早在1988年年初，广东省和广州市经济研究中心举办了一个研讨会，提出用“社会主义初级阶段的市场经济”为“社会主义有计划的商品经济”正名。中央领导看到有关报告后，让马洪组织国务院发展研究中心的人员对此进行一个讨论，任务落到吴敬琏身上。3月份，吴敬琏和他的同事胡季写出专题报告《关于“商品经济”和“市场经济”的几点意见》，对这两个概念进行了多方面的引证分析。他们认为，“商品经济”是同自然经济相对立的一种经济形式，而“市场经济”则是与“命令经济”或“统制经济”相对立的概念，“市场经济”通过市场机制配置资源，“命令经济”通过行政命令配置资源，而中国经济改革的实质正是用前者替代后者，因此，可以叫“社会主义的市场经济”。领导人对这个意见的批示说，“这是一个可以和应该深入讨论的理论问题”，党中央在1987年成立的走中国特色社会主义研究组（由郑必坚、龚育之牵头），对此进行更深入的探讨。7月15日，《人民日报》以《社会主义商品经济也是一种市场经济》为题，发表了吴敬琏和胡季的那篇报告，这也是中央党报上第一次正式出现“市场经济”这个名词。
然而，随着物价“闯关”的失利，对市场经济的研讨不但全面停滞，甚至出现了完全相反的理论思潮。
1989年10月28日，《光明日报》刊发《中国不能完全实行市场经济》一文，内称，“如果我们……让市场成为资源的主要配置者，不重视乃至削弱和否定计划经济的重要作用，必然会导致社会主义公有制经济的瓦解。”其观点与一年多前的吴敬琏和胡季一文观点截然相反。
10天后的11月7日，吴敬琏接到发展研究中心副总干事孙尚清通知，要吴随他去中南海中区西楼参加一个会议，总结1989年“70天”的经验与教训。就是在这次会议上，计划派与市场派展开了第一次针锋相对的论战。
据吴敬琏在口述史中回忆，他一进会场，邓力群看到他就说，“吴敬琏，我们好久不见了。”吴答，“是有一个五年计划了吧。”邓说，“不对，有两个五年计划了。”也就是说，两人有10年没有谋面了。会议一开始，第一个发言的是财政部科研所的原所长许毅，他原是华东税务管理局副局长，调任北京后，与吴敬琏一度很熟悉。他洋洋洒洒地讲了一个半小时，中心意思是，通货膨胀和社会动荡的根本原因是经济改革出了毛病，本来应该计划取向的，却搞了市场取向，导致重复建设、通货膨胀、贪污和诸侯经济等这么多的问题。
接着就是吴敬琏发言，他也洋洋洒洒地讲了一个半小时。他说，自己对许多现象的看法和许毅的观点很相似，但是对这些现象的原因分析，和他的距离很大。对于中国改革中出现的一些问题，确实需要冷静的思考，人们在十年改革中得到了许多利益，为什么还有不满？接着，他分析了通货膨胀、分配不公和腐败横行三大社会问题的根源。他认为主要的根源是发展战略和改革进程出了问题。发展战略上的问题是急于求成，用各种手段支撑高速度，改革的问题则是不明确到底要把原来体制下的哪些东西改掉，要改成什么样的体制，改革的具体道路不清楚。改革初期走放权让利的路，用承包制等方法“调动积极性”，这些做法早在50年代就搞过。应当用新办法，扩大市场的作用，而如果按放权让利的思路搞下去，会出现很严重的恶果。
对于那种认为腐败等现象都是由市场取向改革造成的看法，吴敬琏表示不能同意。他说，按照马克思的说法，商品是天生的平等主义者。因此市场经济国家的公平竞争立法上就规定不能有任何价格和其他歧视，不能像在价格双轨制下那样，有批文的和没批文的、有权的和没权的价格不一样，那不是市场经济原则。双重体制下的经济既是货币经济，又有行政管制，权力有价，于是产生大量的寻租行为，这才是目前腐败蔓延的原因。最后，吴敬琏还推荐香港汇丰银行一位经济专家的文章，此文论证说，股份公司只是一种管理形式，它可以在公有制基础上建立，也可以在私有制基础上建立。他的发言至此，许毅打断他说，这一点我和你绝对对立。
那天，一个上午的会就只有他们两人发言，旁边的人大多没有参与争论。
吴敬琏的观点在很多人看来无疑是非常“危险”的，他把自己孤立在了“主流”之外。就在他与许毅展开论战的同时，全国范围内正在展开一场针对民营经济的整顿运动。据《中华人民共和国经济史》记载，1989年下半年，全国个体户注册数减少300万户，私营企业从20万家下降到9.06万家，减少一半多。中共中央还专门下发文件，明确规定，“私营企业主不能加入中国共产党”，原来是党员的，可以暂不考虑劝其退党。这个政策所透露出来的政治信息，是不言而喻的。
在公开的报刊上，种种反对市场化改革的声音喧嚣尘上。1990年1月，北京《当代思潮》发表《用四项基本原则指导和规范改革开放》，文章说，“私营经济和个体经济……如果任其自由发展，就会冲击社会主义经济”。2月22日，北京的权威杂志和报纸发表一位政治家、理论家的长文《关于反对资产阶级自由化》，作者提出一个质问：搞资产阶级自由化的人有没有经济上的根源？有没有一种经济上的力量支持他们？回答是，有的，私营企业和个体户就是资产阶级自由化的经济根源。文章说，资产阶级自由化的改革“说到底，一个是取消公有制为主体，实现私有化，一个是取消计划经济，实现市场化”。
吴敬琏以及改革派人士此时的危险和被动，并不仅仅来自于国内的思潮压力，同时还受到国际动荡局势的挑战。就是在这段时期，苏联和东欧的社会主义国家阵营发生了令人吃惊的“剧变”。
1989年10月匈牙利政局发生剧变，执政的社会主义工人党改建为社会党，匈开始实行多党制。11月9日，民主德国与联邦德国宣布合并，存在了28年零3个月的柏林墙被推倒。同年的12月22日，罗马尼亚出现新政党“救国阵线”。3天后，执政长达24年的罗共总书记齐奥塞斯库被捕，在经军事审讯后被枪决。1990年12月，波兰共产党在竞选中失去领导权，团结工会领袖瓦文萨当选为波兰总统。
就在东欧各国相继“变色”的同时，世界上最大的社会主义国家苏联也开始迅速瓦解。1990年2月，苏共召开中央全会，将总书记戈尔巴乔夫的“人道的、民主的社会主义”新思想正式变成苏共的行动纲领和基本方针。3月，立陶宛率先宣告独立；7月，莫斯科市长叶利钦宣布退出苏联共产党。1991年12月25日，戈尔巴乔夫发表全国电视讲话，宣布辞去苏联总统职务，镰刀锤子红旗从克里姆林宫上空降下，苏联最高苏维埃举行最后一次会议，正式宣布苏联停止存在。
“苏东剧变”给同样是社会主义国家的中国带来了巨大的震惊。在骇然之余，思想界形成了几种截然不同的结论，一些人认为，正是因为苏联和东欧各国放弃了计划经济体制和阶级斗争学说才导致了今日的政权丧失。这一思潮当然对吴敬琏等改革派人士造成了空前的政治压力。
1990年的春天，吴敬琏偕周南去英国牛津大学作访问研究，回国时，途经刚刚合并的联邦德国以及捷克斯洛伐克、苏联。从莫斯科坐火车回北京的路上，他的心情越走越悲观，国内及国际局势的变幻让他更为深入地思考中国的出路。
吴敬琏认为，造成“苏东剧变”的最深层的原因，乃是由于体制的缺陷和建立在这种体制基础上的政策失误。在过去的几十年里，虽然有些国家企图对这种僵化的体制进行改革，建立有生机与活力的社会主义经济体制，但由于目标不明或方法不对，也没有能取得成功。这样，经济情况愈来愈糟，使人民群众对社会主义和党的领导失去了信心。他最终的结论是：中国只有进行改革开放，才能确保社会的进步和国家的长治久安。
就在吴敬琏归国后不久的1990年7月5日下午，江泽民总书记在中南海勤政殿召开了一次经济问题座谈会，十多位经济学家应邀出席，其中有薛暮桥、刘国光、苏星、吴树青、袁木、许毅、吴敬琏等，总理李鹏和政治局常委乔石在座。吴敬琏与“计划派”再次当面交战。
与前一年一样，许毅还是打头炮，坚持反对市场化取向的主张。吴敬琏又是第二个发言，他说，你说的那些现象都有，但原因不是改革的市场取向不对和改革“急于求成”，而是市场取向的改革不够坚决，不够彻底。“计划经济与市场调节相结合”这个口号不妥当，应该明确“市场经济”的改革取向。
这时，袁木接着吴敬琏的话头说，中央从来就没有讲过“市场经济”！吴敬琏提醒他，陈云1981年就用了“计划经济与市场经济相结合”，邓小平在接见戒严部队时也讲了“计划经济和市场经济”，为什么这个词不能用？袁木又说，正式文件里改成了“计划经济与市场调节相结合”，既然正式文件里没有就不能用。吴敬琏说，大家都看了邓小平讲话的录像，既然他都可以这么说，为什么我们这么讲就大逆不道了？其间，还有人几次打断吴敬琏的话说，“计划经济与市场调节相结合”的提法是中央已经定了的，只能讨论怎么结合，不能讨论这个提法本身。但在会议主持者的容许下，吴敬琏还是坚持讲完了自己的意见。
在这次座谈会上，薛暮桥和刘国光也站在市场取向改革的一边，强调必须坚持十一届三中全会以来的改革路线，维护市场取向的正确方向，应当恢复十二届三中全会和“十三大”的提法。而在论战的对方，除了许毅、袁木之外，全国人大常委会副秘书长、当过《求是》杂志总编辑的有林也是最活跃的人士之一。
一时间，双方互不相让。86岁高龄的薛暮桥情绪十分激动，一度连话也说不清楚了。会后，他给江泽民等中央领导人写了一封长信，说自己“因年事已高，思维不如过去敏捷，临时边想边说，中间又插话频繁，该说的没有说清楚，不需要说的却说了不少，没有把自己的意见表达出来，对此内心很不平静”，于是又把自己的观点详尽地讲述了一遍，认为必须认清形势，当机立断地进行市场化改革。
在信中，薛暮桥也谈及了他对“苏东剧变”的看法，他写道：“最近大家对‘东欧剧变’议论纷纷，我认为，仅仅以资本主义国家推行‘和平演变’政策来加以解释是不够的，苏东挫折的主要原因，是因为未作彻底改革，老是跳不出乱物价、软财政、软信贷的圈子，这些国家采取对传统体制修修补补，或者搞一点零敲碎打的改革的做法，至多只能延迟矛盾的爆发，把国民经济引入慢性危机，而不能求得经济状况的根本改善。”
薛暮桥在自己的回忆录中记载，“这封信在起草过程中得到吴敬琏同志的大力帮助，他对我写的原稿做了许多修改和补充”。
为了呼应薛暮桥，吴敬琏也继续顽强地反批评。在1990年11月，他写出《九十年代中国经济发展前景》一文，对未来10年的改革进行了战略性的思考。
针对困难重重的局面，吴敬琏把当时各种政治力量提出的解决之道概括为以下三种方案。
第一种方案，实行行政性的重新集中化，废止前几年施行的行政性分权体制，如“财政大包干”等等，取消价格双轨制，加强中央对稀缺资源的集中控制，把国民经济的重要部门、重要产品的生产和主要投资置于指令性计划的控制之下，用行政性手段进行资源的再配置，优化国民经济结构，实现经济的稳定发展。
换而言之，就是退回到中央集权的计划模式。他判断说，“这种办法如果能够实现，是能够实现短时期的经济稳定的”。但是，中国的变化将从此非常缓慢，“不能指望依靠它来实现现代化的宏伟目标”。
第二种方案，推进市场取向的改革，尽快取消“双重体制”，把“社会主义商品经济”，即“国家调节市场，市场引导企业”的经济体系初步地建立起来，在强化国家对宏观经济总量的控制的同时，充分运用市场竞争的力量来克服现有经济结构和经济运转的种种问题。
第三种方案，大体保持现有的计划－市场双重体制以及“财政大包干”、“外贸大包干”、“信贷大包干”、部门承包和企业承包等制度，只在两个方面做一些改变，一是适当加强中央行政当局和计划机关的权力，增加指令性计划的比重，二是对某些不太合理的价格作某些调整，对承包基数和方法作修订和改进。
吴敬琏认为，合意的是第二种方案，不过他认为被采纳的概率很低，他写到，“虽然一些经济学家，包括本文作者在内，坚信这是中国经济摆脱困境、走向繁荣的道路，但是由于思想认识上的原因和10年来已经形成的利益格局，这种想法恐怕很难为人们所接受”。所以，他几乎无奈地认为，第三种方法——“从政治上说也许是较为可取的。但是中国经济现实存在的问题则很难由此得到解决。如果继续保持紧的宏观经济政策，则中期经济不可能有大的起色，而如果采取放松货币控制的办法刺激经济回升，又很容易出现新的一轮扩张——膨胀——紧缩——萧条的波动。”
在文章的最后，他颇带期望地写道，中国的现代化事业要真正成功，“出路在于推进经济体制的根本改革，较快地建立有宏观调节的市场经济体制，在今后的发展中，会有越来越多的经济专家和领导人认识这一点，因而出现改革开放的新局面”。
写作此文时的吴敬琏并没有料想到，他所期盼的“在今后会出现的那个领导人”居然不久就出现了。两年多后，在他给出的三种方案中，中央政府最终采纳的居然不是折中的第三种，而是最具市场化特征的第二种。
这些当然是后话。至少从1990年前后的公开舆论看来，吴敬琏和薛暮桥等人仍然是孤独的。
就在勤政殿座谈会开后的4个月，1990年11月3日，《北京日报》刊发文章，标题是《中国的改革绝不是完全实行市场经济》，其核心观点直奔市场取向派而去。1991年4月，《当代思潮》发表《改革开放可以不问姓“社”姓“资”吗？》一文，说“不问姓‘社’姓‘资’，必然把改革开放引向资本主义道路而葬送社会主义事业”。7月，《真理的追求》杂志发表《重提姓“社”姓“资”》，说“一切不愿意做双重奴隶的中国人，在改革大道上前进时，有责任也有权力问一问姓‘社’姓‘资’，时刻提防不要偏离改革的方向”。北京一家报纸则发表《当前改革的三个问题》，提出“我们的同志中，有的也在抹杀两种改革观的分野，忌言姓‘社’姓‘资’，更有甚者，在喧腾一时的‘全面地、迅速地私有化’的呼声受到遏制之后，‘私有化潜行’论者仍在潜行”。
1990年年底的一天，吴敬琏的老朋友乌家培给他打来电话。在寒暄数语后，乌小心翼翼地询问说，“你知道最近外面给你起了一个什么绰号吗？”吴敬琏茫然地说，“不知道。”乌说，“计委那边有人说，目前北京经济学界有三个代表人物，一个是‘有计划’（指有林），一个是‘吴市场’，还有一个是‘杨承包’（指杨培新）。”
也就是从这时起，“吴市场”这个绰号不胫而走。日后吴敬琏在接受采访时多次谈及，“‘吴市场’对我完全不是美称，当时是很厉害的贬义：‘和中央不保持一致’”。