一
这“第二大堑”并没有使曾国藩沮丧消沉，反而更加激起了他对这个官僚体系的战斗决心，坚定了他“致君尧舜上，再使风俗淳”的意志。在一年多的时间里，他满怀赤诚，尽忠竭智，先后上了《应诏陈言疏》、《条陈日讲事宜疏》、《议汰兵书》、《备陈民间疾苦疏》、《平银价疏》等多道奏疏。全面深入地指出了大清天下面临的种种危机，官僚体系存在的诸多问题，呼吁皇帝大刀阔斧，加以彻底改革。
这些折子是曾国藩输心剖胆殚精竭虑的产物。他以为，新皇帝既然振作有为，肯定会采纳他的建议。然而，事实证明，他太过天真了。咸丰皇帝并没有这个魄力。咸丰心胸狭窄，气质庸弱，完全谈不上雄才大略。他对如何驾驭大清政治心无定见，曾国藩上的这些折子，他草草读了一遍，随口夸奖几句，事后却扔进废纸篓，没了下文。
曾国藩大失所望，郁闷无已，给友人写信说，自从皇帝发下求言诏书以来，上书言事的，有一百多人。其中有许多有见地的奏章，发到有关部门讨论的时候，得到的只是“没什么价值，不必讨论”这几个字的答复，或者发到各省执行，但是一通上谕之后，各地没有反应，朝廷也很快忘了这件事。读书人掏心掏肝的血诚，只变成了办事员纸篓中的废纸。每想及此，心中怎不愤懑。
曾国藩的心情越来越焦急。因为天下大乱已经从可能变成了现实。咸丰元年，太平军起，很快席卷广西。对于这场大乱，咸丰皇帝毫无准备。他就像一个没头的苍蝇一样，指挥混乱，布置失措。曾国藩的内心被焦灼得日夜不安：自度身世，在各部之间俯仰升沉，不知道最终是个什么结果。再观天下，到处是贫不聊生之人。向前无法贡献自己的才智于国家，退后无法很好地营谋自己的出路，除了直接向皇帝上书之外，还有什么办法呢？
曾国藩认为，要想挽救大清帝国，只有敲打醒这个糊涂皇帝才行。在强烈的责任感支配下，以谨慎闻名的曾国藩做出了一个晚清官场极为罕见的举动：直言批评皇帝。他上了《敬陈圣德三端预防流弊疏》，锋芒直指咸丰皇帝的三个缺点：
一是见小不见大，小事精明，大事糊涂。他批评皇帝有“琐碎之风”，“谨于小而反忽于大”，成天把精力用于挑大臣们礼仪疏漏之类的小毛病，苛于小节，疏于大计，对派往广西镇压起义的人员安排不当。
二是“徒尚文饰，不求实际”。鼓励大家进言，大家提了不少意见，其中怎么也会有几条有见解的吧？结果却都是批了“无庸议”三字而已，没有一项落实。“间有特被奖许者，手诏以褒倭仁，未几而疏之万里之外。优旨以答苏廷魁，未几而斥为乱道之流，是鲜察言之实意，徒饰纳谏之虚文……”偶尔有几个被肯定的，也没有好结果。刚刚亲书手谕表彰倭仁，不久就驱之于万里之外。刚刚发布肯定苏廷魁的圣旨，不久又批评他是离经叛道。看来您所谓求言，并无诚意，只不过是想获得肯于纳谏之虚名而已。
三是刚愎自用，饰非拒谏，出尔反尔，自食其言。一开始说听取大家意见，现在却动不动就说“大权朕自持之”，“不容臣下更参末议”。
曾国藩希望自己的这道奏折，能起到当头棒喝的作用，使皇帝幡然猛醒，改弦易辙。他也希望通过自己的行动，在朝廷中引发直言的风潮：
现在人才不振，皆谨小而忽于大，人人皆习脂韦唯阿之风，欲以此疏稍挽风气。冀在廷（大臣）皆趋于骨鲠，而遇事不敢退缩。此余区区之余意也。
这个想法显然是相当天真。明代大臣以冒着生命危险批评皇帝为荣，对皇帝嬉怒笑骂者本多，但清代体制威严，君臣之分，凛若天渊，大臣们给皇帝的文字，字斟句酌，务为恭顺，极少谏诤之语。自从乾隆初年孙嘉淦的《三习一弊疏》之后，大清王朝一百多年间从来没有出现过如此直接坦率地批评皇帝的奏折。年轻气盛而又自尊心特别脆弱敏感的咸丰皇帝的反应可想而知。史载“疏上，帝览奏大怒，摔诸地，立召军机大臣，欲罪之”。把奏折摔到地上，立刻想把曾国藩抓起来。幸亏祁隽藻、季昌芝等大学士为之苦苦求情，才使曾国藩免于获罪。在大臣们的劝谏下，咸丰皇帝转而假惺惺地夸奖了曾氏几句，但又下了长篇上谕，细细为自己一一辩解，针锋相对地驳回了曾国藩的主要指责。
皇帝大发雷霆，曾国藩并不感觉意外。但皇帝的哓哓置辩，却让他认识到通过苦口直谏使皇帝猛然惊醒洗心革面是不可能的。在此之后，他还是不断地上建议改革的奏折，不过多是就事论事，不再有类似的憨激之言了。
二
那么，“为京师权贵所唾骂”又是怎么回事呢？
曾国藩晚年回忆，“昔余往年在京，好与诸有大名大位者为仇，亦未始无挺然特立不畏强御之意”。
大名大位者之一，就是那位因鸦片战争而出名的琦善。琦善出身贵族，身名早达，二十岁就当了河南巡抚。一度位极人臣，在朝廷中根深蒂固。虽因鸦片战争而被道光“革职锁拿，查抄家产”，但不久就获重新起用，任陕甘总督。咸丰即位后，有人参奏他在陕甘总督任内“妄加诛戮”，“将雍沙番族刑求逼供，杀毙多名”。皇帝命革职交刑部审讯。
虽然两度获罪，琦善在京中人缘却一直很好。回到北京后，会审人员只寻“微琐细事”令琦善回答，实际是为他开脱罪责。刑部尚书恒春甚至要将举报人赛尚阿的四名下属当做罪犯抓来，与琦善一同审讯。这明显是违反大清律的。然而对这个建议，满朝无人反对。只有当时兼属刑部侍郎的曾国藩挺身而出，拍案而起，说：琦善虽然权高位重，但既然奉旨查办他的罪行，则自然应该以罪犯待之。举报他的那几个司员官位虽低，现在也仍然是朝廷命官，怎么能像罪犯一样抓来当堂对质？如果举报者被这样对待，将来再有大员犯罪，谁敢过问？况且皇帝只命会审琦善，并没有命令兼审其司员。如果一定要传讯司员，那必须先请旨。
曾国藩“词气抗厉”，“四坐为之悚动”，刑部尚书恒春不得不取消了这个动议。慑于曾国藩的刚直，咸丰二年四月，琦善被革职，发往吉林效力赎罪。
另一个“大名大位”者是赛尚阿。咸丰二年初，赛尚阿等因为在镇压太平天国起义军过程中调度不力，日久无功而“交部议处”。朝中众人多力图为之宽减，只有曾国藩“以军务关系重大，议处罪名宜从重者，不当比照成例”。
但会议还是决定从宽处罚。曾国藩不服，“会议罢后，公专折奏请从严议处”。赛尚阿因此终被革职。
本来，曾国藩在京官中人缘颇好。然而，这两次挑战“大名大位”者，却令他人际关系网出现巨大破洞。因为琦善门生故旧遍天下，与穆彰阿关系也颇深。曾国藩打破了“官官相护”的潜规则，成为官场上的异类。案子审完之后，许多人与曾国藩拉开距离，甚至不再往来。他在官场上的处境愈益孤立。“诸公贵人见之或引避，至不与同席。”在背后当然更是遭到无数诋毁之词。弹劾赛尚阿又得罪了一大批人。因此曾国藩在咸丰二年几乎成了京师人人唾骂的人物。
在北京的最后一段日子，曾国藩动辄得咎，精神十分痛苦，愈来愈想念家乡了。国事颓唐，他百计奋斗，却丝毫无补，不免又一次萌生了退志：
粤西事用银已及千万两而无确耗，户部日见支绌，内库亦仅余六百万。时事多艰，无策以补救万一，实可惭愧！明年拟告归，以避尸位素餐之咎。
在给罗泽南的信中亦云：
计稍迟岁时，即当解组归养，从吾子与孟容（指罗泽南与刘蓉）于万山恬寂中耳。
咸丰二年六月，曾国藩终于得到了江西乡试正考官的外差，他兴冲冲地逃离这个让他失望而厌恶的京城，准备从此引退归山。不料刚走到安徽太和县，接到了母亲去世的讣闻，当即换装回乡奔丧，至此正式结束了他十四年的京宦生涯。