以区区30万元，在短短三五年之内，便开创了资产达40多亿元的三株帝国基业，吴氏父子无疑有着超出一般企业家的抱负和理想，他们也是国内最早提出要把企业办成百年老店的企业家之一。

    在企业战略的设定上，父子俩在认识上有一定的差异性。销售科长出身、经历了“文化大革命”洗礼的吴炳新是毛泽东战争理论的狂热崇拜者。而年轻的大学生吴思伟则滔滔不绝于彼得·德鲁克理论，他特意聘用了南京大学日本企业管理研究所的专家为三株设计了一种“矩阵式的管理结构”，然后又委托北京大学的美国企业管理研究所进行修正，最后得出了一个让他满意的糅合了日本和美国管理精华的三株管理模式。

    正是在吴氏父子这种反差迥异的管理理念的支配下，三株的管理体系发生过多次的转型，其间也造成过一定的紊乱和冲突。在不同的时期，吴氏父子轮换出任总裁和董事长，在三株分别进行了各自的实验。而最终的事实是，吴思伟的管理思路更多地体现在对经理层的改造上，而三株整体的公司管理框架，特别是最重要的营销体系思路，仍是由吴炳新一手塑造的。

    从一开始，吴炳新就为三株打造了一种区域管理式的模型，他把中国市场分割为4个大区——东北区、华北区、西北区和华东区，4个大区设战区经理，也叫做“专员”。4个大区没有财务权，它们的财务监督、市场范围及经费划拨均由总部统一协调。吴炳新把这种体系归结为“中央集权”，他称之为“六统一”，即思想统一、组织统一、政策统一、企划统一、行动统一和管理统一。为使集权体制具体化，他采纳吴思伟的提议，引进了日本“贩卖、人事、总部、制造”4个轮子框架结构，成立了制造中心、营销中心、财务中心、组织人事中心。

    伴随着三株机构的日益庞大，喜欢创新的吴思伟又提出了“支薪经理阶层”理论，并在三株进行尝试。按照这种设计，三株形成了8级干部体制，一级是总裁，二级是副总裁，四大中心主任是二级半，三级是各个省的总经理，一些重要的沿海中心城市如杭州、苏州公司的经理则是四级，依此类推，总部先后与大约5000名各级经理签订了“终身合同”。在某种意义上，这是日后盛行的经理入股权、期权制度的雏形。至少吴思伟已经意识到，稳定经理骨干层是保证三株事业长盛不衰的根本所在。

    其后，三株公司的派生产品日益增多，组织结构也发生了新的调整，颇有研究价值的是，三株最终形成的组织形态是集西方事业部制与中国解放战争时期军队建制于一体的杂交物。一方面，根据新产品的推出，总部成立了不同的事业部，各部各自建制，独立运转，实行垂直领导。而在各大区及主要省份，为了保证三株产品的协调运转，又成立了“市场前线指挥部”，在总部则成立“市场前线总指挥委员会”。吴炳新描述道：“市场前线总指挥委员会相当于国家军委，各省机构变成市场前沿指挥部后，相当于前敌委。以军事化管理模式运筹商战，意味着军事化的行动，而军事化的最大特点就是绝对服从命令。”

    且不论吴炳新的这些推理是否有真实的内在逻辑性，至少在市场推行的初期，这种军事化的体制是起到了一定的作用。据称，最鼎盛时，三株在全国所有大城市、省会城市和绝大部分地级市注册了600家子公司，在县、乡、镇有2000个办事处，各级行销人员总数超过了15万，这恐怕是一个前无古人、估计也将后无来者的骇人纪录。吴炳新曾豪言，“除了邮政网以外，在国内我还不知道谁的网络比我大”。1996年，正是凭借着这样一支庞大的营销铁流，吴炳新发动了所谓的夏季、秋季、冬季三大战役。三株的传单、横幅、招贴和标语贴遍全中国，一举实现销售额80亿元，这个数字如属实则超过了当年全国保健品销售总额的1/3。三株公司大有吞吐天地、冠盖宇内的气概。