按理说，朱元璋现在是郭子兴手下最大的功臣，理应加官晋爵，专心倚任：现在郭子兴麾下四万军队，四分之三是朱元璋手创。然而，传统中国的人际关系就是这么奇怪，朱元璋功劳越大，郭子兴对他的感觉就越复杂。这个干女婿的能量实在出乎他的意料。这个小部下当初只带了二十四名亲兵出来开辟根据地，他还曾经担心是否会有去无回，让他干女儿守寡。做梦也想不到短短一年多，朱元璋就将三万训练有素的大军拱手奉上。而他经营了这么多年，才不过一万多人马。两人能力高下，岂不一目了然？
所谓功高震主，一支队伍中只能有一个核心，一个权威，一个效忠对象。朱元璋功劳太大，太得军心，郭子兴坐享朱元璋的经营成果，心里感觉不那么踏实。所以他迟迟不给朱元璋晋升，反而还不断找他的毛病。郭子兴的两个儿子郭天叙、郭天爵也同样是心胸狭窄之辈，不想让这个干姐夫抢了自己的风头，一有机会就风言风语地挑拨几句。朱元璋的前部下中也有人看风头不对，在郭子兴面前挑拨离间，汇报朱元璋独立带兵时的种种过失。
郭子兴本来对朱元璋就不放心，再加上众口铄金，怎么看朱元璋怎么别扭，因此开始刻意打压朱元璋。他先是把朱元璋身边几个亲信的将校和幕僚全部调走，接着又剥夺了朱元璋的实际权力，“自是四方征讨总兵之权”，朱元璋“皆不得与”，年纪轻轻就退居二线了。关系最恶化的时候，郭子兴甚至因为一言不和，把朱元璋关了起来，不让他出门，全靠妻子马氏几次偷偷给他送吃的。有一次马氏将刚刚烤熟的烙饼揣在怀里给他送去，把胸口烫红了一大块。这块疤痕，使得朱元璋后来对这个结发妻子终生保持尊重。
虽然是自己手创的军队，但一旦交出兵权，朱元璋发现自己居然一无所有。朱元璋当然气愤，当然郁闷，但以他对人情世故的通透，他一下子就看透郭子兴的内心。虽然有自己练出的三万士兵做后盾，朱元璋并不想和郭子兴闹翻。因为农民的宗法意识是根深蒂固的，他朱元璋再能干，也是郭子兴的女婿和部下。以下犯上，以小反大，不管他多么有能力，也会立刻为千夫所指，人心丧尽。以他的资历、年龄、地位，他还是必须得依靠郭子兴。
朱元璋知道怎么赢回郭子兴的信任。郭子兴对他越过分，他就越加恭顺谨慎。都说女婿是半子，他这个干女婿却把自己完全摆到孝子的位置，君要臣死，臣不得不死。父要子亡，子不得不亡。朱元璋任打任骂，从不发一句怨言。你越是怀疑我，我越是对你忠心耿耿，你不让我管事，我就老老实实在家里替你管家。你让我带小队出征，我就拼命打仗，一往无前。所谓路遥知马力，日久见人心，时间长了，郭子兴一家上下都感觉对不住朱元璋。
郭子兴也感觉不用朱元璋，自己做事总不大顺手。其他人出的主意，总不如朱元璋高明，判断事情，总没有朱元璋清楚。加上左右亲信也开始为朱元璋说好话，几个月后，他终于消除了对朱元璋的怀疑，重新加以任用。朱元璋再度成为郭子兴手下最有发言权的将领，郭子兴大事小情，多都以朱元璋的意见为转移。
以前屈居人下，现在却成了四万大军的统帅，又连续击退了元军几次进攻，郭子兴志得意满，动了称王的念头。当初他毁家起兵，孤注一掷，为的就是搏一个称孤道寡。如今自立一方，何不过一把南面称王的瘾呢？部下闻听他有此意，也纷纷赞同。
只有朱元璋立马提出反对意见：“滁州无险可守，非称王之地，我们现在只有一个孤城加上周围几个乡镇。称了王，只得了一个虚名，却树大招风，会引起朝廷的重视，势必集重兵前来进攻，到那时后悔就晚了。”
朱元璋反复劝谕，郭子兴听后沉默不语，不过称王的事，最后还是不了了之。从这个结果看，朱元璋实际上又成为了这支军队的主心骨。
确实，当时郭子兴的四万多军队，只困守滁州一城，占地有限，粮食也非常紧张。不但称王不现实，生存都面临危机。朱元璋建议郭子兴南取和州（今安徽和县），扩大势力：“困守孤城，诚非计。今欲谋所向，惟和阳可图。”
朱元璋还为郭子兴策划了攻取和州的具体方略，他说，和州虽然“城小”，但防守坚固，“可以计取，难以力胜”。可以用诈城之策，攻取此城。史书记载朱元璋的原话是：
向攻民寨时，得兵衣号二，其文曰“庐州路义兵”，今拟制三千，选勇敢士，椎结、左衣衽，衣青衣，腹背悬之，佯为彼兵，以四橐驮（骆驼）载赏物驱而行，使人声言庐州兵送使者入和阳赏赉将士，和阳兵见之必纳。因以绛衣兵（当时红巾军皆着红色服装）万人继其后，约相距十余里，候青衣兵薄城，举火为应，绛衣兵即鼓行而趋，破之必矣。
也就是说，以前在攻打地主武装时，缴获了两张号牌，叫“庐州路义兵”。不如按这个样子仿制三千个，派三千精兵，穿上地主武装的服装，胸前背后缝上这个号牌，伪装成乡团，带着四匹骆驼，装上奖赏物资，号称是庐州地主武装派使者来犒赏和州军队。再派一万人尾随其后，等前队入城后内外夹击，必能一举而下。
至正十五年（公元1355年）正月，郭子兴采用这个计策，顺利袭取了和州，统治范围扩大了一倍。论功行赏，他升任朱元璋为统率和州兵马的总兵官。换句话说，朱元璋一夜之间成了郭军之中的第二号人物。
虽然是凭借赫赫战功升到此位，但是其他总兵官中许多人却对此心怀怨言。原因当然是朱元璋年纪轻、资历浅，蹿升太快、太得宠。他们仗着是郭子兴的老部下，又比朱元璋年长许多，在朱元璋面前倚老卖老，朱元璋经常指挥不动。特别是郭子兴的妻弟，攻取和州的张天佑，看到总兵官的职位没有给他而是给了出谋划策的朱元璋，更是暗自不服。每次总兵官集体议事时，因朱元璋位列总兵官之首，所以理所当然坐在第一把交椅上，那些老资格的军官因此大为不惬，在背后飞短流长，说什么朱元璋是靠着“娇客”（女婿）的身份蹿上去的，说什么出生入死不如娶个好老婆。
朱元璋以他极高的天分，在以术驭人方面，做了一个典型案例。为了树立自己的威信，朱元璋想出了一个办法。他叫小兵把会议大厅的椅子撤了，换上长凳。这样在开会时，各人就可以自由挑选自己的座位。
第二天，朱元璋有意迟到，进会场一看，诸将果然都老实不客气，那时以右为尊，他们把右手都坐满了，留给他最左面一个位置。朱元璋一句话没说就坐下了。开会了，讨论军事问题，排在右首的人先发言。这些大老粗吭哧半天，也说不出几句有水平的话。最后一个轮到朱元璋，他侃侃而谈，分析得入情入理，大家听了，不得不点头称是，按朱元璋的意思去办了。这样的情景出现几次后，再开会时，大家都自觉把右手的位置给他留出来了。朱元璋的威信就这样彻底树立起来了。