就在对张士诚的战争进行得顺利之时，朱元璋顺手消灭了自己身边的一个累赘：小明王韩林儿。
朱元璋渡江后，全靠北面奉韩林儿为主的红巾军抵抗元军，才能从容在南方发展。朱元璋也一再利用韩林儿的名义，来支持自己政权的合法性。
占领浙东后，朱元璋树起的“山河奄有中华地，日月重开大宋天”的大旗，实际上就是韩林儿部的“虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天”的旗号。这样，朱元璋既可以利用小明王的旗号和复宋的目标来号令军士，争取群众，又可以缩小自己的目标，避免树大招风。
大宋农民军在北方被打败后，小明王落脚在安丰，受到张士诚部的攻击，向朱元璋求援。朱元璋看出小明王还有利用价值，准备救援，但是部下却纷纷表示反对，大家都说：“假使救出来，当发付何处？”意思是说，就算救出了小明王，如何安置也是个问题。放到应天吧，就得听从他的约束，岂不非常被动；如果不放到应天，又放到哪好呢？但是在朱元璋看来，这并不是一个难题，他力排众议派兵往救，然后“设鸾驾伞扇迎驻滁州，创造宫殿居之，易其左右宦，侍奉之甚厚”（俞本《记事录》）。也就是说，途经滁州，朱元璋命造宫殿，把小明王留在那里，厚加供养，但将他左右的宦侍全部换上自己的心腹，严加监视。阳为尊崇，实际上韩林儿已成了朱元璋的阶下囚了。这样，朱元璋就把小明王完全控制在自己的手里，可以挟天子以令诸侯，在天下红巾军诸部中取得了独一无二的地位。
在那之后，小明王就成了朱元璋手里的工具，他高兴的时候，就可以拿来随便用用。比如龙凤九年（公元1363年）三月，在与陈友谅展开决战前，朱元璋命小明王封赠自己的三代，先讨讨彩头：曾祖父朱九四为资德大夫、吴国公。祖父朱初一为光禄大夫、吴国公；父朱五四为开府仪同三司、上柱国、录军国重事、中书右丞相、太尉、吴国公。鄱阳湖战役胜利后，朱元璋决定先称王，为以后登基作准备，他仍然以小明王的名义对自己做出正式封赠。
直到元顺帝至正二十六年（公元1366年），平定张士诚进展非常顺利，天下已非朱元璋莫属了，韩林儿才没有任何继续存在的价值了。朱元璋派大将廖永忠用船到北方去接韩林儿，说要迎他来坐天下。韩林儿辞别闲居三年的滁州，兴冲冲向应天进发。虽是空头皇帝，妃嫔宫女、太监护卫，毕竟一应俱全。到了江心，韩林儿乘坐的大船便进了水，在皇帝和妃嫔的一片惊呼哀号声中渐渐沉没。
“惨剧”发生后，朱元璋“勃然大怒”，立刻命人把廖永忠抓起来，说他办事不够谨慎，以致出此“交通事故”，要重治其罪。无奈众人纷纷说情，朱元璋才“勉强”免了他的死罪，命廖永忠仍回苏州前线，“戴罪”立功。随后，朱元璋下令举行国丧，在应天城内遍挂孝幛，停止娱乐活动一个月，又命在长江边设小明王灵位，亲率文武百官到江边哭祭，声势弄得十分浩大。
不过，从此之后，朱元璋再也不提自己曾经是韩林儿的臣下，连当年立的一些石碑，也因为曾经用了韩林儿的年号，一律捶毁，文字史料，更是消灭得一干二净。
消灭韩林儿后，朱元璋对白莲教的态度也发生了一百八十度大转弯。
朱元璋部本是白莲教大起义的一个组成部分。在起义之初，他也充分利用白莲教教义来发动群众。但是，随着自己独立发展，朱元璋越来越淡化自己这支队伍的宗教气氛。因为他知道，宗教狂热只可用于一时，难于持久。
龙凤十二年（公元1366年）五月讨伐张士诚檄文的发布，是朱元璋政治生涯中的一个重大事件。在讨伐张士诚的檄文中，朱元璋借声讨张士诚之机，宣布白莲教是妖术，指斥信教者“误中妖术，不解偈言之鼻诞，酷信弥勒之真有，冀其治世，以苏困苦，聚为烧香之党……妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫……终不能济世安民”。
朱元璋还宣称，他远在渡江之前，已“灼见妖言，不能成事，又度胡运，难与立功，遂引兵渡江”，不仅否认自己从前信奉白莲教并长期臣属于小明王的事实，而且完全抹煞大宋红巾军对他在江南地区发展壮大势力所起的掩护作用，把自己的胜利一概归之于“天地祖宗之灵”及其“将帅之力”。
抛弃白莲教义，就意味着皈依到孔子门下。随着夺取天下形势已显，朱元璋开始了尊孔活动。龙凤二年九月，他前往镇江，一入城首先就去拜谒孔子庙。龙凤六年五月，朱元璋下令在应天设立儒学提举司，任命宋元以来金华朱学的传衍人物宋濂为提举，正式尊崇儒教。
不过，为了最好地利用白莲教的剩余价值，朱元璋后来决定给自己的新朝代定国号为“大明”。因为经过白莲教的广泛传播，明王出世成为了民间熟知的预言。韩山童自称明王起事，韩林儿继称小明王。朱元璋的部下，大多都是白莲教的信徒。朱元璋以出自白莲教经典《大阿弥陀经》的“大明”作新皇朝的国号，一是表明了新王朝与小明王的继承关系，二是向其他觊觎帝位者暗示，“明王”已经出世，光明世界已经到来，其他人就不必再痴心妄想了。
明朝立国后，朱元璋开始了对明教、白莲教的严厉镇压。洪武三年（公元1370年）朱元璋颁“禁淫祠”诏：“不许塑画天神地，及白莲社、明尊教、白云宗，巫觋扶鸾祷圣，书符咒水诸术，并加禁止，庶几左道不兴，民无惑志。”其后，朱元璋便藉修订《大明律》，将明教、白莲教列为“旁门左道”，严行禁止。《大明律》规定：“凡妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术，或隐藏图像，烧香聚众，夜聚晓散，佯修善事，扇惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千里。”“凡造谶纬、妖书、妖言及传用惑众者皆斩。若私有妖书隐藏不送官者，杖一百，徒三年。”有明一代，白莲教、明教势力一直被牢牢压制。