果然，第二天慈禧太后召见醇王，面谕铁路停办。醇王亦宛转上言，代为乞恩，保全老臣的体面。慈禧太后本有向李鸿章示惠之意，自然乐从。
因此，尽管有人颂扬皇太后圣明，面谕醇王停办铁路，李鸿章由于军机否认此说，所以照常备妥图说，送请军机处呈递御前。接着便发了廷寄，说李鸿章建议“试办阿城至临清铁路为南北大道枢纽，阿城临清二处，各造仓廒数所，以备储米候运等语，所陈系为运粮起见，不无可采。”以下就用孙毓汶的见解，近黄河一带的铁路，是否会被大水冲刷，不可不预为筹计，责成崧骏、陈士杰及河道总督成孚，派人详细勘查，据实复奏。最后特别告诫：“其建设仓康及转运应办事宜，着按照所陈各节，悉心会商，妥为筹议，一并迅速奏闻。”
这道上谕还算切实，李鸿章相当满意。复奏如何，自然影响成败，而陈士杰虽不和睦，所好的是掌握关键的崧骏，未调漕督以前是直隶藩司，平日书信往来，称之为“弟”，是这样不同泛泛的关系，李鸿章便有把握，崧骏一定会附和其议，力赞其成。
同一天还有一道紧要上谕，就是设立海军衙门，为预先所计议的，特派醇王总理海军事务，“所有沿海水师，悉归节制调遣”。
在醇王总理之下，有两会办、两帮办，满汉各半。会办是奕劻与李鸿章，帮办是正行旗汉军都统善庆与还在伦敦、尚未交卸出使大臣职务的兵部右侍郎曾纪泽。懿旨中又特别宣示：北洋精练海军一支，着李鸿章专司其事。
上谕一下，李鸿章第一件事是呈递谢恩折子，同时也要预备召见。这就必得跟醇王先见一次面，估量慈禧太后可能会问到的话，商量应该如何回答。那知他未到适园，醇王先就送了信来，说这天上午，慈禧太后召见军机，曾提到驻德使馆有人来信，指控李凤苞订船的弊端，迫不得已，只有由总理衙门将王咏霓的来信，送交军机呈递。同时又面奉懿旨：下一天召见李鸿章。
接到这个信息，李鸿章暗暗心惊。不想小小刑部主事的一封私函，竟会上达天听，倘或因此惹起风波，阴沟里翻了船，才是丢人的大笑话。
所幸的是，王咏霓的原信，张荫桓已觅来一个抄本，找出来细细参详，还有可以辩解之处，比较放心了。不过为了表示问心无愧，要出以泰然，醇王那里，反倒不便再去，免得他疑心自己为此事去探听口气。因而只写了一封回信，提到李凤苞之事，说他亦非常诧异，如果真有弊端，李凤苞就是辜恩溺职，应该严办。
到了宫里，才知道内奏事处已传懿旨：李鸿章与醇王一起召见。两人匆匆见面，谈不到几句话，已经“叫起”了。
进殿先看慈禧太后的脸色，黄纱屏掩映之下，不甚分明，只听得慈禧太后微微咳嗽，声音发哑而低，李鸿章凝神静听，连大气都不敢喘，真有屏营战兢之感。
“办海军是一件大事。”慈禧太后闲闲发端：“史书上说的‘楼船’，那能跟现在的铁甲船比？将来等船从外洋到了，你们都该上去看一看才好。”
“是！”醇王答说：“船一到，臣就会同李鸿章去看。”
“这倒也不必忙在一时，总先要操演纯熟了，才有个看头。
这三条铁甲船，派谁管带？”
这下该李鸿章回答了：“原有副将刘步蟾他们二十多个人，派到德国，一面照料造船工程，一面学习驾驶、修理。这一次帮同德国兵弁，驾驶回国，等他们到了大沽口，臣要详细考查，再禀知醇亲王，请旨派定管带。”
“德国兵弁把船开到，自然要回国。咱们自己的人，接得下来，接不下来呢？”
“一时自然接不下。臣跟醇亲王已经商量过，酌留德国兵弁三两年，把他们的本事都学会了，再送他们回国。”
“可以。”慈禧太后拈起御案上的一封信，扬了一下：“有人说，镇远的工料不及定远，造价反而贵了。这是怎么说？”
“镇远铁甲厚薄，一切布置，都跟定远一样，不同的是，定远水线之下，都是钢面铁甲，镇远的水线之下，参用铁甲。这因为当时外洋钢价，突然大涨，不能不变通办理。当时奏明有案的。”
“济远呢？”慈禧太后将信往外一移，“这个王咏霓来的信，你们看看！”
于是醇王先看，看完不作声，将信随手递给李鸿章，他假意看了一遍，恭恭敬敬地将原信缴呈御案，方始不慌不忙地分辩。
“王咏霓是亲眼目睹，臣还没有见过济远，不知道王咏霓的话，说得对不对？不过，他说济远不能跟定远、镇远一起回国，似乎言过其实，如今济远已经跟定远、镇远一起东来了。”
“我也觉得他的话，不免过分，可是也有说得有理的。”
“是！”李鸿章答道：“济远是一条快船，当时是仿英国的新样子定造的，因为是头一回，有些地方不大合适，臣亦早已写信给曾纪泽，托他跟许景澄商量，新订的两条船，尽力修改图样。总之，好的地方，务必留着，不好的地方，务必改掉。”
“原该如此。不过，如今既有这么许多毛病，只怕枝枝节节地改也改不好。七爷，你看，是不是打个电报给他们，那两条新船先缓一缓，等事情水落石出了以后再说？”
“这，”醇王转脸，低声问道：“少荃你看呢？”
李鸿章想说：“两条新船已经跟人家订了建造合同，付过定洋。如果缓造，要赔补人家的损失，太不合算。”这几句话已到口边，发觉不妥，就不肯出口了。
“皇太后圣明，理当遵谕办理。”
“那就这样办了。”醇王答说，“臣回头就发电。”
“李凤苞这个人，”慈禧太后看着李鸿章问，“他是什么出身？”
“他是江苏崇明的生员……。”
李鸿章奏报李凤苞的简历：此人精于历算测绘之学，为以前的江苏巡抚丁日昌所赏识，替他捐了个道员，派在江南制造局当差。曾主办吴淞炮台，绘制地球全图，还译过许多声光化电之书，在洋务方面颇有劳绩。
光绪元年丁日昌当福建巡抚，兼充船政大臣，特地调李凤苞为船政局总考工。以后遣派水师学生留学，由李凤苞充任监督，带领出洋。
光绪四年继刘锡鸿为驻德国使臣，以迄于今。
“李凤苞对造船，原是内行，而且在外洋多年，洞悉洋人本性。不过，臣与他本无渊源，只觉得他很干练，操守亦还可信。而况他是朝廷驻德的使臣，这几年既然向德国订造铁甲船，臣自然委托他经理。”
这是李鸿章为自己开脱责任。慈禧太后懂他的意思，点头说道：“原不与你相干。将来等船到了，有没有象王咏霓所说的那些情弊，当然要切切实实查一查。你也不必回护他。”
最后这句话颇见分量。李鸿章诚惶诚恐地答道：“臣不敢！”
“七爷！”慈禧太后遂即吩咐：“你就传话给军机拟旨吧！你一个，李鸿章一个，”她想了一下又说：“再派奕劻。就是你们三个，会同去查。”
这重公案，到此算是有了处理的办法。虽然面子上不甚好看，但还算是不幸中的大幸，因为醇王与奕劻都可以讲得通。倘或交都察院或者兵部，甚至刑部查办，要想大事化小，小事化无就不容易了。
“李鸿章！”慈禧太后谈到一件耿耿于怀的事，“蚕池口的天主教堂，那么高！西苑的动静，都在洋人眼里了。实在不大妥当。六月里，神机营找过一个英国人，他上了一个条陈，说有法子让他们迁走。这件事别人办不了，你得好好费心。”
李鸿章在天津就听说过此事，料知责无旁贷，也约略思量过应付之道，此时自然毫不迟疑地应承：“皇太后请放心！
臣尽力去办，办妥为止。”
这个答复简捷痛快，慈禧太后深为满意，转脸对醇王说道：“你就把那个条陈交给李鸿章吧！”