顺治八年八月十三日，顺治终于册立自己的表妹博尔济吉特氏为皇后。婚礼规模盛大，做为泰山老丈人的舅父蒙古亲王吴克善亲自进京参加婚礼，了却一桩心事的布木布泰也得到了“昭圣慈寿恭简”的尊号。
然而双方家长刚松了一口气，坤宁宫里却又闹开了。虽然他自己也承认表妹“足称佳丽，亦极巧慧”，但他打从一开始就不想接触这位不谙汉字的蒙古妻子，从新婚的当天夜里，他就对皇后横挑鼻子竖挑眼，“合卺之夕，意志即不协”。——这位格格就算再多毛病，也不可能在新婚之夜主动向丈夫挑衅吧！
事实上，大婚时的顺治虽然才十四岁，却早已经在后宫中花花绿绿地厮混惯了。他的第一个儿子牛钮，就是大婚三个月后由后宫庶妃巴氏生出来的。他只不过活了二十四年，却有正式后妃十八人。未得后妃封号却有名份的“福晋”四人、“格格”十七人——至于连封号都没有得到的女人，那就更是天知道。
在史上的“开国皇帝”中，顺治是首屈一指的荒淫无度。一般来说，开国之君日理万机，甚至还要出兵放马，很少有在如此年青时就耽于淫逸的。然而顺治是个例外——很简单：为清王朝出兵放马日理万机的“开国皇帝”，实际上是多尔衮。
成为皇后的博尔济吉特氏做什么都入不了丈夫的眼，还动辄得罪，后宫中的女人们频频生养的同时，她身为皇后却得不到与丈夫亲近的机会，从立后之日起便整守了两三年的空房。试想，有几个女人能受得了这样的待遇呢？她屡次向姑母太后哭诉，太后当然对儿子加以责备，于是，这看在顺治眼里，又成了罪不可恕的一条：“处心弗端”。身为嫡妻皇后，当然要管理后宫，对妾室加以约束，于是顺治又说她见到“貌少妍者即憎恶，欲置之死”——可是事实上，顺治又举不出哪个庶妃被皇后处治的实例。
那么，得不到丈夫的人，守着皇后的空名，总该可以用物质享受稍加补济吧！这位皇后本来就是尊贵的蒙古公主，在家中备受疼宠，生活一向是奢侈的，器具都用金器，服饰喜好绮绣珠宝。这一点太后也非常了解，并没有过多干涉——毕竟，你大清朝还要靠她的娘家平定边陲。而且，大清朝的公主们嫁到蒙古草原上，也过着同样奢侈的生活。更何况，假如不是福临身上流着博尔济吉特氏的血液，他这么一个小屁孩能被拥立为皇帝吗？
然而顺治对这一切都不买帐。他固执地对皇后奢华的生活细节强烈不满，认为已经到了无法隐忍的地步。顺治十年八月，正式立后刚两年，他就命令礼部整理历代废后事例。此事一出，满朝哗然，无论是汉臣还是满臣，都纷纷劝阻，说皇后毫无失德，虽无子女却还正在青春妙龄，又关乎联姻大事，怎么能够就这样胡乱废掉呢！
说起来，顺治亲政后对汉人的态度是很不错的，很多时候更表现出超群的政治才华。然而他一但固执狂暴起来，却似乎变成了另外一个人。在废后这件汉官们最为反感的事情上，他的表现就令人瞠目结舌。
无论汉官们怎样为皇后辩护，怎样说夫妻之道，怎样说国家大计，怎样说夫妻相敬是君子之道、是从百姓到帝王都必须遵守的重要道德，都没有用。无论汉官们说什么，总之顺治吃了秤砣铁了心，仅以“无能”、“志意不协”、“未经选择”这样站不住脚的理由，就于八月二十六日宣布，废皇后为“静妃”。此后，无论王公大臣们怎样辩解都无济于事，九月初，年仅十六七岁的小皇后仍然没能逃脱打入冷宫的命运。——这个做事不过大脑的少年皇帝在五年后，终于明白自己做错了事，下令给静妃恢复相当于皇后的生活待遇。然而她的一生却已经毁了。——同时被毁的，当然还有顺治和母亲的亲情。
侄女被废，对于儿子这样的固执与恶语相加，皇太后心里的滋味可想而知有多难受。她一面百般向娘家解释，一面努力维护皇家以及嫁入蒙古的清朝公主们的利益，一面又重新在科尔沁王公府里寻找新的皇后人选。
顺治十一年六月，又一位博尔济吉特氏登上了清帝国皇后之位。她是吴克善的孙女、静妃的侄女、太后的侄孙女。与她同时进宫的还有她的妹妹，被册为淑惠妃。
新皇后性情温驯，品行很好，然而在顺治口里仍然不值一提，他说这位比自己晚一辈的妻子“乏长才”——没什么特长和才气。事实上这只是一个借口，她们究竟有没有长才，顺治压根不知道，因为皇后和淑惠妃在婚仪过后，就立刻被顺治丢到了脑后，连看都懒得去看一眼。
同样被顺治毫无理由地抛弃的，还有另两位蒙古妃子：主浩齐特的恭靖妃博尔济吉特氏、阿霸垓的端顺妃博尔济吉特氏。与三位科尔沁公主一样，她们也终身“无所出”。
顺治一生放纵，虽然死时不到二十四岁，已前后有八子六女。他见于记载的后妃十八人中共有蒙古女子六人（第六人为早死的科尔沁悼妃），但是她们居然没有一个人生过孩子。这些无辜的蒙古格格，难道都是多尔衮选进来的吗？当然不是。唯一的理由，只是她们成了皇帝与太后感情不协、政见不一之后，皇帝抛出的牺牲品。
当然，顺治在表面上对母亲还是很不错的，他毕竟还守着孝道。
顺治十一年，顺治封孝庄太后的父亲为“和硕忠亲王”，母亲为“贤妃”；顺治十二年二月，太后过生日，顺治又亲自做了三十首贺寿诗进献。
然而这并不能掩盖母子不和、政治利益相逆的实质。顺治离弃蒙古后妃并且延续时间如此之长，不可能不遭到母亲的报复。他在运用皇权随心所欲兼心花怒放地毁掉那些与自己血脉相通的蒙古格格们的同时，根本没有想到，自己已经把宠妃的后路也全部堵死了。
代替顺治遭罪的，是董鄂妃。