亲情无存的顺治朝终于结束，孝庄带着她七岁的孙子玄烨进入了康熙朝，成为太皇太后。
康熙朝的清帝国虽然仍旧风云变幻，然而孝庄总算过上了相对安稳的晚年。前半世一直和亲生儿女没有感情交集的孝庄，也许到这时才开始重新体会到母子祖孙之情，开始反思自己与儿子水火不相容的关系以及儿子的早逝。
顺治朝的宫闱悲剧，终于没有延续到康熙的宫闱——在康熙的后宫中，没有董鄂氏，也没有博尔济吉特氏。从此，这两个姓氏的女子再也不必在后宫中争个你死我活了。孝庄为孙子选择的皇后再也不是蒙古格格，而是满族勋贵的女儿。
康熙年间一件重要的事情，莫过于“诛鳌拜”。孝庄是否参与了诛鳌拜？在其中起了怎样的做用？从外围很难确定。但是我们可以从康熙第一次大婚，这位太皇太后为孙子做主选择的最初一批后妃中看出端倪：皇后为四辅臣之首索尼的孙女赫舍里氏；妃子中既有原为鳌拜一党并同属镶黄旗的遏必隆之女钮祜禄氏、又有号称“佟半朝”家族的女儿佟佳氏、甚至还有出身一般的……却偏偏鳌拜本人的女儿落了选，虽然她随后被指给了宗室郡王为福晋，但是丈夫又为皇族远系（禇英后人敬谨郡王兰布）。尽管随后皇家将顺治的女儿嫁给了鳌拜的侄子，但是再怎么说，这样的八杆子亲家，与做皇帝的老丈人相比，实在差得太远。
这些，应该已经是孝庄在一面继续安抚鳌拜，却又同时分化鳌拜党羽了，是为诛鳌拜所下的一步棋。此后，小后妃们的家人亲眷都纷纷加官晋爵、入朝为官，并因成为皇亲而顺理成章地提拔，后来的宰相纳兰明珠也是其中之一。大婚不久的康熙随后接到了首辅索尼力请皇帝亲政的奏章（做了皇帝的太老丈人，老索终于再不装糊涂了）。遏必隆自女入宫后，也一反紧跟鳌拜的的行径，转而为皇帝笼络人心。
事实上，在康熙八年（1669）五月十七日这一天，当康熙最终动用善扑营小布库擒拿鳌拜时，外戚们起到了相当重要的作用。正是鳌拜非常相信的遏必隆（翊坤宫妃钮祜禄氏之父）将鳌拜诱入武英殿、更是皇后的叔父索额图亲率众侍卫围攻鳌拜的。
不过话说回来，为什么当初孝庄竟眼看着四大辅臣中的鳌拜坐大呢？后来又为什么听任鳌拜杀死辅臣之一苏克萨哈？
其中的原因非常复杂。其中之一，当然是因为苏克萨哈隶属于正白旗，而另三位辅臣全为两黄旗下。鳌拜的坐大，与身为首辅的索尼对其默许纵容大有关系，以致孝庄太后也无计可施。
苏克萨哈与鳌拜最大的冲突应属圈地事变。
但是对于鳌拜挑起的事端，当时首辅索尼采取了默许，遏必隆则公开表态做同盟军，而能中其中取得利益的两黄旗人，也大都被拉拢。清王朝当时的政体并非集权于皇帝一人，皇帝和太后所能做的，只是尽可能地在各旗势力之间取得平衡点，保障自己的地位，并不能在实际上制约得了他们。
因此，尽管明知孝庄太后和康熙皇帝反对两黄旗与两白旗互换圈地，但是鳌拜仍然敢于矫诏处死赞同帝后意见的三名重臣——大学士苏纳海、直隶总督朱昌祚、直隶巡抚王登联。但在索尼和遏必隆的默认下，朝臣竟没有谁为这三人鸣冤，等于公然抹了太后和皇帝的面子。这使得鳌拜势头大劲，很多官员都倒向他的一边，三朝元老鳌拜的势力越发盘根错节。
索尼和遏必隆直到成为皇帝丈人之后，才算是真正诚心帮太后和小皇帝的忙。但是此时鳌拜已经根深蒂固了。更糟的是索尼后悔也迟了：大婚不久，首辅索尼就死了。虽然临终时他仍然不忘上表请求皇帝亲政，但事实是鳌拜更成了一头大。
说起来苏克萨哈这人，虽是老狐狸，却屡屡自误。他本来就是鳌拜的对头，与鳌拜遏必隆是怎么也搞不到一起的，倒是索尼老奸巨滑，经常也不忘让他拣点漏子。谁知道在孝庄太后决定册立索尼的孙女为皇后之时，他竟公然表示反对，这不但令孝庄太后非常气恼，更将索尼一系得罪了个彻底。于是在四辅臣中他成了光杆一条。
索尼去世、康熙亲政，事实上当时的权力还掌握在三辅臣手里。就在这时，苏克萨哈上了一道奏章，要求退休，而且用意很明显，要鳌拜与遏必隆一起退休。鳌拜当然不能容忍。于是他挑出了苏克萨哈奏章中的一句牢骚：“往守先帝陵寝，如线余息，得以生全。”然后以此为借口，命议政王大臣会议论罪。在议罪当日，鳌拜将可能倾向苏克萨哈的大臣全部排除在外，结果当然可想而知：苏克萨哈本人凌迟，全家抄斩。
由于鳌拜同党已经把持了朝政，康熙虽然强烈反对，这个判决仍然被鳌拜强行执行了。而孝庄在整个事件中，一直都没有正面与鳌拜交锋，更没有力保苏克萨哈。令人颇有些不解。
可能是鳌拜上次违旨杀三大臣的事情，已经给了她一个警觉。康熙初年的皇权并不集中，实际权力更多都掌握在旗主们手里，在实权并没有抓在手里之前，即使是太后和皇帝，也不能将势力大的臣子怎么样。
还可能是由于苏克萨哈起家的方式方法令她久已不满——苏克萨哈从前一向逢迎多尔衮，又是白旗身份，却在多尔衮死后立即见风转舵，向顺治告发多尔衮的过失，使多尔衮尸骨无存、子嗣不继。
无疑地，孝庄因此事对苏克萨哈的所谓忠心十分怀疑。做了辅臣以后的苏克萨哈在政务及立皇后之事上的表现，也使人感觉到，他只是在做政治投机，并不是一个与皇帝太后一条心的人物。在索尼死后，做为努尔哈赤的女婿，他的实力虽弱，名份上却已是首辅，——苏克萨哈权力欲望极大，又是旗主，假若他此时又以退为进，在搞倒鳌拜后抓住更多的权力，焉知他不是下一个更阴狠的角色？
活着的苏克萨哈虽然对于平衡朝中势力有眼前作用，但他如果死了，长远来看，只怕还是对皇帝更有利的事情。在某种程度上，孝庄实在没有力保他的必要。
当然，也是此时孝庄和康熙在朝中培养的势力都未长成，还不能贸然与鳌拜对抗。
在苏克萨哈死后，就连鳌拜同出一旗的辅臣遏必隆，都开始对鳌拜心存惊惧，另做打算了。所有对鳌拜专权不满的人、受过鳌拜打击的人，再也没有另外的势力可以依靠，他们都只有一条路可走：迅速地向皇帝太后靠拢。至于遏必隆，他既是皇帝的岳丈之一，当然此时也属于皇帝一系。孝庄和康熙只要最后与鳌拜一搏，就能将权力都集中在自己的手里了。从这个角度来看，苏克萨哈之死于皇权大有裨益——假若他不死，他将成为朝中鳌拜以外的另一股势力，世人投靠的选择多了他一个，几时才轮到小皇帝出头呢！
苏克萨哈死后第三年，鳌拜被擒。权力终于高度集中到了皇帝的手里。
虽然孝庄没有过多地让史官记下自己在政事中起的作用，但是康熙十一年（公元1672）十二月之时，孝庄向康熙所说的一席话，仍然显出她在康熙的成长以及理政方面所起的重要作用：“安不可忘危，闲暇时仍宜训练武备。诸如在朝诸臣奏事，岂无忠诚入告者，然不肖之类，假公行私，附己者即为引进，忤己者即加罔害，亦或有之。为人君者，务虚公裁断，一准于理，则事无差失矣。”
孝庄并没有过多参与军事，但在三藩之乱时，当精兵都出发平乱后，蒙古察哈尔亲王布耳尼却趁乱起兵，直攻京师重地。康熙在孝庄的指点下，派出了图海为将，征用起了旗下包衣家奴，居然在两个月后大胜而还。
——这同时也侧面证明，两黄旗当年不立博穆博果尔的重要原因：博果尔生母所属的察哈尔蒙古与科尔沁蒙古对清皇帝家的实际态度，是完全不一样的，博果尔更是察哈尔汗的异父兄弟！