6月，履新不久的于光远等人召开第二次全国按劳分配讨论会，这次的参与单位多达100个，与会人员400多位。讨论会的气氛明显比前两次要活跃得多，会议安排了20多人发言，其间，不断有人递条子，争取发言机会。吴敬琏选择的发言主题是“物质刺激”，这在“文化大革命”时期是一个“理论禁区”。吴敬琏论证说，历史唯物主义认为，一切社会行动，归根到底是由物质原因所推动，表现为物质利益的生产关系决定所有的社会关系。因此，“四人帮”那种把“物质刺激”视为洪水猛兽的做法显然是反动的。在他们的压制下，不但人们失去了工作的动力，甚至连研究物质利益问题的经济学也失去了存在的前提。他的发言突破了工资、奖金等具体问题的范围，引起与会者极大的兴趣。
当时，于光远找来了冯兰瑞、吴敬琏、周叔莲等4人，日夜在办公室里秘密筹划研讨，后来他们戏称这是“密谋于暗室”。据吴敬琏的回忆，于光远是主导者，邓力群有时也参与讨论，胡乔木则没有介入。有一次，他们正讨论得热烈时，胡乔木推门进来，问：“你们在干什么？”于光远说明了意图，并邀请他加入，没想到胡摇摇头，黯然地说，“一谈起按劳分配就勾起我不愉快的回忆”，然后就离开了。吴敬琏不解，于光远便说了一段往事。1958年，上海《解放日报》发表张春桥的长文《破除资产阶级法权思想》，把按劳分配当做资产阶级法权思想来批判，提倡实行“共产主义供给制”。当时是毛泽东政治秘书兼管《人民日报》的胡乔木看到后，认为这种说法是荒谬的，便指示《人民日报》理论部主任林韦组织文章进行批评。不料毛泽东看了张文后，大为赞赏，让《人民日报》转载，还亲自写了编者按②。这使得胡的处境极其困难，他多次写检讨才得以过关，但是却从此失去了宠信。因此，胡一听到“按劳分配”这四个字就避之唯恐不及。
首先，按劳分配是经济学上的一个常识性原则，很容易被论证明白，获得人们的共识和共鸣。其次，在“极左派”的众多理论中，排斥任何考核制度、以平均主义为准则的经济路线最不得人心，无论是普通的工人或农民，都对“干好干坏一个样，干与不干一个样”的现象深恶痛绝。再者，按劳分配与价值规律有极强的关联性，一旦突破，再往前拓进就是顺理成章的事情了。
3月10日至22日，在中共中央召开的工作会议上，华国锋在讲话中继续沿用了“文化大革命”中的一些错误提法，仍认定“天安门事件”是“反革命事件”，认为“批林批邓，反击右倾翻案风”是正确的，阻挠邓小平出来工作。
吴敬琏再次慎重地回到这个话题，已是在20多年后的2001年了。
对中国思想界来说，真正的转折性时刻出现在1978年5月11日。当天，《光明日报》刊登题为《实践是检验真理的唯一标准》的特约评论员文章，新华社同日转发，第二天《人民日报》全文转载。这可以被视为当年度中国最重要的政治宣言。在文章中，作者勇敢地宣称：“凡是有超越于实践并自奉为绝对的‘禁区’的地方，就没有科学，就没有真正的马列主义、毛泽东思想，而只有蒙昧主义、唯心主义、文化专制主义。”
——孙冶方
那段时间，吴敬琏似乎又回到了10多年前，勤勉而充满激情。
这一观点引起了高层及理论界很大的兴趣。它把按劳分配的原则，由企业与员工之间的对应性直接推进到了国家与企业的层面，也就是产权拥有者与经营管理者之间的利益分配关系，事实上，这也是中国国有企业改革的主要命题之一。它体现了中国企业改革的一个主流探索命题，那就是：能否在不改变产权关系的前提下，通过利益分配的调整，提高经营者的积极性。我们即将看到的事实是，理论界在这个命题上的持续争论将长达20年之久。
10月底，第三次全国按劳分配讨论会在北京举行，参与者又有增加，除了在京的135个单位、500多位专家和官员之外，还有23个省、市的130多个单位、300多人赶来参与讨论，会议上的发言人多达100多位。周叔莲、吴敬琏和汪海波递交的论文是《论社会主义工资和它的具体形式》，提出为社会主义工资和奖金“恢复名誉”。如果说，很多与会者的发言是“表态性”的，那么，吴敬琏等人的观点则明显更带有可操作性。
当时的政坛局势可谓暗潮涌动，阴晴瞬变。
在这篇论文中，他们提出了“自负盈亏”的原则——企业在遵守国家政策的前提下，完成国家计划，特别是完成利润计划之后，企业劳动者集体应该分得一部分企业利润，反之，企业劳动者集体也应承担一定的物质责任。
1978年12月18日，具有历史转折意义的中国共产党第十一届三中全会在北京召开。在这次大会上，形成了以邓小平为核心的中央领导集体。全会做出了将党的工作重点转移到社会主义建设上来的决定。而就在全会召开前后，中共北京市委宣布“四五运动”（天安门事件）完全是革命行动。与此同时，中共中央为彭德怀、陶铸等在“文革”中蒙受冤屈的政治家平反，并召开追悼会。此后两年中，全国300多万干部群众获得平反，55万“右派”得到改正，其中，顾准在1980年2月9日被“恢复名誉，彻底平反”，他和妻子汪璧的部分骨灰被安放在八宝山革命公墓的墓室里。
1979年1月18日，十一届三中全会结束不久，中共中央召开了一次理论务虚会，这是“四人帮”被打倒后，中国理论界的第一次盛会，几乎所有重要的理论家都受邀赴会。在这次会议上，吴敬琏做了一个长篇发言，讲述他过去几年对大寨的观察与思考，对种种虚假现象进行了切实的揭露。他的发言引起了很大的震动，这是中国学者第一次在如此高端的会议上掀开大寨的“盖子”。
吴晓莲还回忆了父亲当时创作的局促情形——吴敬琏的写作，多数是在我们北师大的家里进行的。那时我们一家四口人住在大筒子楼14平方米的房间里，房里的全部家当是：爸爸妈妈的双人床，我和妹妹的上下铺，一张书桌，一张饭桌，两张桌子间夹着钢琴，铺边一只五屉柜，两只木凳，两只折叠凳，一把椅子和一个小马扎。1976年后，我和妹妹开始学习文化啦！那对我们倒不一定是什么值得兴奋的事，我要告诉你的是，我们从那时起，每天放学回家后就“霸占”了家里的两张桌子。爸爸写作的固定位置是双人床的床沿，他在床上垫了一块三合板做的象棋棋盘，稿纸放在上面，人半蹲半坐在马扎上，勾着头在那里，写出了一批按当时的标准来讲很有深度的文章，也写出了严重的颈椎病。奶奶最心疼他，当时就跟我说：“你爸爸整天在那儿爬格子，脖子都快要爬断了。”
1976年冬日的一天，于光远找到吴敬琏和周叔莲说，我们应当做点什么。
1977年，中国社会科学院成立不久，决定组建一个马克思列宁主义、毛泽东思想研究所，胡乔木和于光远从全院征调了三个不同业务方向的骨干进行前期的筹备，其中包括哲学研究所的邢贲思（后任中央党校副校长）、中国近代史研究所的丁守和（后任中国现代文化学会会长）和经济研究所的吴敬琏。在一次理论座谈会上，吴敬琏和周叔莲以《“四人帮”的封建实质》为题进行了发言。他们的基本观点是，中国社会发展到今天这一步，出了很大的毛病，主要问题是封建专制主义的复活，“四人帮”在中国的出现，不是一种偶然现象，必须从国民性的高度进行反思。中国是一个有着数千年封建专制历史的集权国家，农业社会主义意识根深蒂固，如果未经彻底的改造并接受现代社会主义的科学理论，一有机会，就可能歪曲和丑化社会主义理想，演变成为马克思和恩格斯在《共产党宣言》中批判过的“封建社会主义”，他们的这个发言，得到了与会者和社科院领导的好评。
在经济理论界，没有什么经济学命题比“按劳分配”更直观地体现“实践检验”的道理了。
事实也是，中央的理论务虚会是和各省的理论务虚会结合进行的，当北京的务虚会上揭发大赛问题的消息传到太原，山西的务虚会马上开了锅。当时陈永贵仍在副总理的位子上，很多人替吴敬琏捏一把汗。在晚年的口述史中，吴敬琏说，“我当时并不担心，因为，大寨问题的‘盖子’迟早会揭开”。
他的这番言论很快惹出一场不大不小的麻烦。回北京后，他写了一篇题为《科学社会主义同非科学的社会主义的斗争》的文章，说：“共产党长期在农村环境中从事打土豪、分田地的民主革命斗争，同时，党的队伍中有相当数量的农民成分，他们很容易把平均主义混同于社会主义，这就是为什么在我国社会主义建设过程中一再发生‘一平二调’、刮‘共产风’等‘左’的偏差的一个重要原因。农业社会主义和封建主义总是互为表里。”这篇文章投给了《经济研究》。
此时的于光远正赋闲在家。自“四五天安门事件”后，邓小平再次被打倒，国务院研究室随之解散，与邓关系最密切的胡乔木、邓力群和于光远3人成了“待分配干部”，每天只可以到一个专设的办公室去看文件，无余事可做。就是在这间办公室里，于光远等人决定在经济理论界发动一场“突击战”——召开关于按劳分配的讨论会。
4月，于光远等继续把按劳分配的讨论推向深入。他们组织召开了第一次全国按劳分配问题讨论会，有30多个单位、100多位理论工作者参加，大会发言者达十余位。吴敬琏、周叔莲和汪海波联名递交了两篇论文，一篇是批判“四人帮”在按劳分配上的“左倾”思路，另一篇是从正面论证恢复奖金制度的必要性。
由于光远发起的这几次按劳分配讨论会，无疑是1977年中国经济理论界最重要的事件，它打破了自1964年之后万马齐喑的黯淡局面，为日后的思想大解放鸣响了号角。
“我死后，我的尸体交医院作医学解剖，不举行遗体告别仪式，不留骨灰，不开追悼会。但不反对经济所的老同事，对我的经济学观点举行一次评论会或批判会，对于大家认为正确的观点，希望广为宣传；但同时对于那些片面的、以致错误的观点，也希望不客气地加以批判，以免贻误社会。”
就在2月7日《人民日报》等报刊提出“两个凡是”方针的半个多月后，2月25日，于光远组织人员，在北京地区召开了按劳分配学术讨论会。因为他没有正式官职，所以，会议属于民间行动，开会的地点和召集都是非正式的，连发言集也是自己出钱打印的。国家计委经济研究所、中科院经济研究所、国家劳动总局、北京大学、北京师范大学等单位都派员与会，不过它们均不是主办机构。全国的报纸几乎没有予以报道，只有《人民日报》理论版发了一条不起眼的简讯。然而，尽管如此，这个讨论会还是引起了地震般的效应。在这次会议上，吴敬琏、周叔莲等人是主要的论文递交者和发言者。
即便研究的条件是如此的狼狈，不过，“在床沿边写作”的吴敬琏仍然表现出了超出时代的勇气和学术能力。从现存的文字资料可见，从一开始，吴敬琏就在两个方向上思考和探索中国现代化的道路，一是经济体制的变革，一是社会体制的变革，前者属于技术层面，后者则带有更强的思想和哲学意义，而这一风格无疑受到了顾准的影响。
“四人帮”被打倒后，1956年以后愈演愈烈、到“文化大革命”中达到极致的“极左”思潮远未被清除。由于“彻底破除资产阶级法权”思想的影响，工厂中绝对平均主义盛行，“干多的不如干少的，干活的不如捣蛋的”，严重影响经济的恢复。当时，华国锋坚持“两个凡是”的方针，要对“极左”路线拨乱反正还非常艰难。更为关键的是，邓小平的再度复出仍面临种种阻挠。因此，能否为他的复出创造一种“呼之欲出”的理论氛围便相当重要。日后来看，于光远等人选择按劳分配——而不是价值规律——这个命题作为突破口是十分精妙的。
1981年第4期的《经济研究》杂志在印刷厂里刚刚印出来，从社会科学院院部就传来了南京方面“出事”的消息。原来南大两位教员写了一篇批判农业社会主义的文章，刊登在《南京大学学报》上，结果受到北京的严厉批判，学报主编因此被撤职。据南大的两位作者交待，他们写那篇稿子，是受到了吴在南大礼堂讲演的影响。一天，经济所一位副所长找吴敬琏谈话：一是院里要销毁这一期的《经济研究》，二是劝他写一篇文章参加对南大学报文章的批判。吴的回答是，“销毁是杂志社的权利，我没法干涉，写文章批判，不能从命”。这件事就尴尬地拧在那里了，最后还是所长许涤新坚持说，杂志已经印出来了，销毁掉要浪费上万块钱，下不为例吧。就这样，这场风波才不了了之。
历史仍然在坚定地向前迈进。
还有一次，那是在1981年，吴敬琏去南京调研，当地官员邀请他参观在天王府旧址举办的一场太平天国展览，一路看下去，让他非常惊心。第二天，金陵大学的老同学请他在南京大学礼堂做一场报告，他由前日的参观即兴说起，太平天国起事是以“平等”相号召，但是建国之后却严分尊卑，清军包围南京时，城内饥民无穷，局势空前严峻，天国却还建起了100多个王府，王爷们在那里穷奢极欲。他因此推论说，农业社会主义发展下去一定就是封建社会主义。
他的很多文章是与周叔莲及汪海波合写的，他们是复旦大学的同班同学，交往超过20年，性情相投，观点近似。特别是周叔莲，更是他最好的知交。他的女儿吴晓莲在《我和爸爸吴敬琏》中回忆说：周叔莲家住学部大院，离吴敬琏的母亲家很近，周末吴敬琏去母亲家时，他时常过来两人一起讨论。我和妹妹对这位周叔叔自然非常熟悉，但是不记得他跟我们说过话。我印象里他是一个比我爸爸更有书呆子气的人，一门心思就是经济学，进了我们家的门，便目不斜视地到爸爸房间去，坐下来就开谈。他们俩不面谈的时候就通电话，那时候住家很少有电话，吴敬琏也只有在母亲家的时候，才用那里的电话，长时间与周叔莲谈他们的稿子。几十年后，周叔叔跟我说，当年他是在他夫人彭韵倩的办公室里跟吴敬琏通话的。周末办公室里没人，他正好可以几小时地跟吴敬琏讨论。
这一年的10月25日，北京召开了第四次全国按劳分配讨论会，这既是对这一命题的进一步研讨，更是以此来呼应如火如荼的“真理标准大讨论”。因为参与的人越来越多，大会就分成了3个组，分别讨论按劳分配和物质利益原则问题、劳动报酬的形式问题、农村按劳分配及其形式的问题。吴敬琏等3人递交的论文题为《深入贯彻按劳分配原则的若干问题》，其中提出了两个与企业经营管理制度有密切关系的问题：一是怎样使劳动者的收入水平和企业的经营状况紧密地联系起来，二是建议对企业领导干部实行物质奖励制度。
就在这次会议举行的一个月后，7月，在中共第十届三中全会上，因陈云和叶剑英元帅等人的坚持，邓小平当选为政治局常委、中共中央副主席、中央军委副主席、国务院副总理和中国人民解放军总参谋长。在8月12日的中共第十一次全国代表大会上，中共中央通过决议宣布，持续了10年之久的“文化大革命”正式结束。
5月7日，中共中央正式下文，批准将中国科学院的哲学社会科学部升格为中国社会科学院，胡乔木被任命为院长，邓力群和于光远为副院长。随着这三位的重新出山，邓小平的即将复出便成了众人皆知的“秘密”。
文章的发表在当时沉闷窒息的中国社会引起了巨大反响。很快，围绕着“真理检验标准”展开了一场全民性的大讨论，它深刻地影响了中国改革的整个进程。在思想基础上，它彻底摧毁了“两个凡是”的政治原则，倡导一种全新的实践主义理论。而在经济变革中，它试图建立一种全新的思想基础和商业伦理，以一种不容置疑的姿态建立起实践主义的思想基础，成为中国吹响经济和社会改革的第一块思想基石。它成为日后引导中国改革的实用主义，甚至功利主义思潮的起源。